رتروترنسپوزون ها فراوانترین و رایج ترین عناصر قابل جا به جایی در ژنوم یوکاریوت ها هستند. به علت گستردگی، پوشش ژنومی و چند شکلی درجی بالا استفاده از آن ها به عنوان نشانگر مولکولی بسیار مناسب است. در این تحقیق از نشانگر های چند مکانی irap و remap برای مطالعه چند شکلی ادغامی آغازگر های مبتنی بر خانواده های رتروترنسپوزونی care1 (از cicer arietinum)، tms1 ret1 (از medicago sativa)، tps12a و tps19 (از pisum sativum)، lore1 و lore2 (از lotus japonicus) در 64 توده نخود زراعی (cicer arietinum) استفاده شد. تمام خانواده های مورد مطالعه به جز tps19 و lore2 در ژنوم نخود فعال بوده و توانستند الگوی باندی چند شکل و قابل امتیاز دهی تولید کنند. 129 مکان با استفاده از 3 آغازگر منفرد irap و 15 ترکیب آغازگری remap به دست آمد که از این تعداد، 88 مکان (34/64) چند شکل بودند. دامنه تشابه ژنتیکی بین توده ها از 843/0 (توده های 642 و 375) تا 987/0 (توده های 120 و 109) متغیر و میانگین آن 934/0 بود. تجزیه خوشه ای بر اساس ضریب تشابه ژنتیکی dice و الگوریتم complete linkage توده های مورد مطالعه را در 5 گروه اصلی قرار داد. معیار های he (هتروزیگوسیتی مورد انتظار)، i (شاخص شانون)، ne (تعداد آلل های موثر) در جمعیت ارومیه بیشتر از سایر جمعیت ها بود. نتایج این تحقیق نشان داد که نشانگر های مبتنی بر خانواده های رتروترنسپوزونی care1، tms1 ret1 و tps12a می توانند به عنوان نشانگر های مولکولی برای مطالعات تنوع ژنتیکی و نقشه یابی صفات مهم زراعی در برنامه های اصلاحی نخود استفاده شوند.