ویروس آنفلوانزا ایجاد کننده ی همه گیری های وسیعی در سراسر دنیا است. میزبان های اختصاصی و میزبان های واسط بسیاری، در اثربیماری زایی به وسیله ی ویروس هایی نوترکیب، وجود دارند. فرضیه هایی مبنی بر ارتباط سندرم افت تولید شیر و بیماری زایی با منشاء ویروس آنفلوانزا در گاوها وجود دارد. در این پژوهش میزان شیوع آلودگی گاو و گاومیش با دو تحت تیپ h1n1 وh3n2 ویروس آنفلوانزا مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور 200 نمونه سرم، از 100رأس گاو و 100 رأس گاومیش به مدت سه ماه( اسفند ماه الی اردیبهشت) از کشتارگاه اهواز جمع آوری گشت. پس از جمع آوری نمونه های خون به مدت 20 تا 30 دقیقه در دمای محیط قرار داده شده و سپس به مدت 10 دقیقه با دور 3000 سانتریفوژ شده و در دمای 20- درجه ی سانتی گراد تا زمان بررسی ذخیره شدند و سپس با ماده ی کائولین تحت درمان قرار گرفته و همه ی سرم ها در آزمایش hi مورد بررسی قرار گرفتند. برای اطمینان از نتایج بدست آمده، تعداد محدودی از سرم های مثبت در آزمایش وسترن بلاتینگ با پروتئین نوترکیب np نیز مورد بررسی مجدد قرار گرفتند، نتایج بدست آمده با یکدیگر منطبق بودند. اطلاعات بدست آمده با استفاده از آزمون chi square بررسی گردید. نتایج این مطالعه نشان داد که،87% گاوان(5/83% نرها و 9/93% ماده ها) و 75% گاومیش ها(6/68% نرها و1/86% ماده ها) h3n2 مثبت، 21% گاو ها)9/14% نر ها و 3/33% ماده ها) و 27% گاومیش ها(8/21% نرها و 1/36% ماده ها) از نظر آلودگی به هر دو سویه مثبت بودند. و نمونه های آلوده به h1n1 21% گاو ها)9/14% نر ها و 3/33% ماده ها) و 27% گاومیش ها(8/21% نرها و 1/36% ماده-ها)بودند. 13% گاوان و25%گاومیش ها از نظرآلودگی به هر دو سویه منفی بود. مطالعه ی حاضر نشان داد که سویه های h3n2 و h1n1 آنفلوانزای جنس a پتانسیل آلوده ساختن گاو ها و گاومیش ها را در منطقه داراست. تحقیقاتی در زمینه ی آنفلوانزای جنسa با محوریت بررسی نشانه های بالینی و اثرات اقتصادی ناشی از آلودگی با این ویروس باید صورت پذیرد.