در این تحقیق ارزیابی آلودگی ارقام تجاری پرتقال تامسون ناول و خونی مورو، نارنگی پیج و پوملو وبر نسبت به ویروئیدهای مرکبات مورد بررسی قرار گرفت. بر این اساس گیاه بالنگ اتراگ (c. medica) به عنوان محک عمومی ویروئید های مرکبات با اینوکولوم از منشا درختان مادری ارقام مذکور از طریق پیوند آلوده شده و در شرایط کنترل شده دمایی گلخانه (روز40، شب28 درجه سانتی گراد) نگهداری گردید. پس از آلوده سازی استخراج اسید نوکلئیک با فنل و روشsds-potassium acetate انجام شد. ردیابی و تشخیص ویروئید های مرکبات با استفاده از سیستم الکتروفورز پی در پی در ژل پلی اکریل آمید (s-page)، northern blot hybridization، dot blot hybridization و rt-pcr انجام شد. واکنش زنجیره ای پلی مراز با نسخه برداری معکوس (rt-pcr) با استفاده از آغازگر های اختصاصی ویروئید های hsvd، cblvd، cdvd و cbcvd انجام شد. فراورده rt-pcr از دو جدایه مورد بررسی تعیین ترادف شد و با جدایه های ویروئید کوتولگی رازک گزارش شده از ایران و سایر نقاط جهان مقایسه گردید. نتایج بررسی فراورده های rt-pcr در ژل آگارز یک درصد آلودگی ارقام تامسون ناول و خونی مورو به هر چهار نوع ویروئید مذکور تایید کرد و نتایج توالی یابی ثابت کرد که سویه تامسون ناول با 303 نوکلئوتید و سویه پرتقال خونی با 302 نوکلئوتید به ترتیب 67/98 و 66/99 درصد با سویه مرجع cviia (gq260203) مطابقت دارند و نتایج rt- pcr و هیبریداسیون نیز نشان داد که ارقام تامسون ناول و خونی مورو بر خلاف پیج و پوملو به ویروئید های cevd، hsvd و cbcvd آلودگی توام داشتند.