گل محمدی (rosa damascena mill., rosaceae) از مهمترین رزهای دنیای قدیم و یکی از مهم ترین گیاهان معطر است که زادگاه آن فلات ایران می باشد. این گیاه در سرتاسر جهان به منظور استفاده در زمینه های دارویی، آرایشی، آشپزی و عطر سازی کشت می شود. با توجه به تنوع فراوان صفات مورفولوژیکی در بین توده های بومی گل محمدی در ایران، بررسی تنوع ژنتیکی این ژنوتیپ ها می تواند در حفظ ذخایر ژرم پلاسم این گیاه و کمک به برنامه های اصلاحی موثر باشد. به نظر می رسد که استفاده از نشانگرهایی که بخش های کد شونده ژنوم را تکثیر می نمایند و همچنین نشانگرهایی که قادر به نشان دادن وراثت سیتوپلاسمی گل محمدی باشند، می تواند کمک بیشتری در بررسی تنوع موجود بین ارقام مختلف گل محمدی نماید. تعداد 44 ژنوتیپ گل محمدی از نواحی مختلف کشور جمع آوری شد و پس از استخراج dna از برگ تازه و تعیین کمیت وکیفیت dna استخراج شده، در واکنش های pcr استفاده شد. از مجموع 15 جفت آغازگر srapمورد استفاده 245 نوار حاصل شد که از این تعداد 203 (76 درصد) نوارها چند شکل بودند. میانگین مقدار pic 3/0 بدست آمد که نشان دهنده قدرت مناسب نشانگر srap در بررسی تنوع ژنتیکی گل محمدی است. تجزیه خوشه ای با روش neighbor-joining برخی از ژنوتیپ های استان های همجوار را درکنار هم قرار داد که نشان دهنده سازگاری ژنوتیپ های مختلف به شرایط محیطی هر منطقه می باشد. تجزیه هماهنگ اصلی نیز نشان داد که 3 مولفه اول در مجموع 75/26 درصد از کل تغییرات را توجیه می کنند، بنابراین روش تجزیه خوشه ای به عنوان بهترین روش برای ارزیابی تنوع ژنتیکی بین ژنوتیپ های گل محمدی ایران با استفاده از داده های srap است. تجزیه واریانس مولکولی داده های srap بر اساس منشأ جغرافیایی نشان دادکه اختلاف بین گروه ها معنی دار است (fst = 0.09 و p < 0.001) و جریان ژنی مناسبی بین گروه ها وجود دارد. در مجموع نشانگر srap از کارایی لازم جهت تفکیک ارقام گل محمدی برخوردار بود. در نشانگر cpssr نیز از بین 25 جفت آغازگر مورد استفاده، 13 جفت آغازگر که تکثیر مناسبتری داشتند انتخاب شدند. تعداد آلل های تکثیر شده توسط هر کدام از این جفت آغازگرها دو عدد بود و میزان هتروزیگوسیتی مورد انتظار، محتوای اطلاعات چند شکل و شاخص شانون به ترتیب 1/0، 16/0 و 28/0 بدست آمد. دندروگرام داده های حاصل از نشانگر cpssr با استفاده از ماتریس شباهت جاکارد و روش upgma توانست ژنوتیپ ها را به سه گروه اصلی تقسیم بندی کند. تجزیه به مولفه‏های اصلی نشان داد که سه مولفه اول در مجموع74/61 درصد از کل تغییرات را توجیه می‏نمایند که به طور کلی تغییرات نسبتا مناسبی را توجیه کرده اند بنابراین به نظر می رسد که استفاده از هر دو روش تجزیه به مولفه‏های اصلی و تجزیه خوشه ای برای داده های نشانگر cpssr مناسب باشد. کلمات کلیدی: گل محمدی، تنوع ژنتیکی، cpssr،srap، ایران