در سال های اخیر مفهوم نظام نوآوری منطقه ای به یک چارچوب تحلیلی مورد استفاده تبدیل شده است که مبنای تجربی مفیدی را برای سیاست گذاری نوآوری بوجود می آورد. اما هنوز رویکردهایی که این چارچوب را به کار می گیرند در مسائل کلیدی همچون منطقه و نقشی که توسط نهادها یا بافت نهادی ایفا می شود مبهم باقی می ماند. از آنجا که تراکم منطقه ای فعالیت اقتصادی در یک نظام اقتصاد نوین بهترین زمینه را برای ایجاد یک اقتصاد مبتنی بر نوآوری فراهم می نماید، مفهوم نظام نوآوری منطقه ای ارتباط وسیعی با مفهوم خوشه های صنعتی پیدا می کند. تحقیق حاضر در پی شناسایی و اولویت‎بندی عوامل نهادی نظام نوآوری منطقه‎ای در خوشه های صنعتی می‎باشد. حال با توجه به اهمیت موضوع نظام های نوآوری منطقه ای و مبحث خوشه های صنعتی و همچنین اهمیت عوامل نهادی موثر بر موفقیت نظام های نوآوری منطقه ای، در این پژوهش به شناسایی و اولویت بندی این عوامل در خوشه های صنعتی می پردازیم، در این راستا خوشه کاشی و سرامیک یزد برای انجام پژوهش در نظر گرفته می شود. در این تحقیق با بررسی ادبیات موضوع و با رعایت الزامات تعریف عوامل نهادی، تعداد 24 شاخص عملکرد شناسایی ‎شدند. اهمیت این شاخص‎ها از طریق توزیع 140 پرسشنامه بین مدیران و کارشناسان خوشه کاشی و سرامیک واقع در استان یزد، مورد بررسی قرار گرفت و تعداد 101 پرسشنامه مرجوع شد، داده‎های جمع‎آوری شده از طریق تحلیل عاملی اکتشافی، تجزیه و تحلیل شده و در نهایت تعداد 23 شاخص به ترتیب در 7 دست? (1) فرهنگ، (2) زیرساخت و ارتباطات، (3) تعامل و همکاری، (4) سیاست گذاری، (5) پرسنل و کارکنان، (6) تامین مالی، (7) یادگیری و نوآوری، قرار گرفتند.