مطالعه پاسخ های فیزیولوژیکی و مولکولی گوجه فرنگی زراعی به عنوان یک گیاه مدل مطلوب، همراه با گونه های وحشی متحمل به تنش ها در شرایط تنش، می تواند به درک بهتر مکانیسم های مقابله و تحمل به تنش ها و همچنین اصلاح گوجه فرنگی زراعی کمک کند. به منظور بررسی اثر تنش خشکی بر روی پاسخ های فیزیولوژیکی (محتوای آب نسبی برگ، میزان نشت الکترولیت، صفات فتوسنتزی، پرولین، قند، آنزیم های آنتی اکسیدان و ...) در چهار گونه گوجه فرنگی (یک گونه زراعی و سه گونه وحشی) در دو سطح آبیاری (ظرفیت زراعی و 40 درصد ظرفیت زراعی) و چهار دوره زمانی (قبل از تنش، 10 روز بعد از تنش، 20 روز بعد از تنش و بازیابی) آزمایشی فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار در اتاقک رشد انجام شد. همچنین به منظور بررسی پاسخ های مولکولی و بیان ژن های القا شده تحت تنش های خشکی و سرمازدگی آزمون cdna-aflp بر روی گوجه فرنگی زراعی در مراحل مختلف اعمال تنش انجام شد. نتایج نشان داد که محتوای آب برگ گیاهان گوجه فرنگی در حین تنش به طور معنی داری کاهش می یابد، اما بعد از بازیابی دوباره به حالت اولیه باز می گردد. میزان نشت الکترولیت در شرایط تنش نسبت به عدم تنش افزایش معنی داری داشت. میزان نشت الکترولیت گونه l. pennellii بعد ازآبیاری مجدد کاهش یافت و به شرایط طبیعی بازگشت که این نشان دهنده قدرت بالای این گونه در حفظ و بازیابی غشای سلولی است. میزان فتوسنتز و عملکرد کلروفیل فلورسانس در دو گونه وحشی مقاوم به خشکی بر خلاف گونه زراعی در طی دوره تنش نسبت به شرایط عدم تنش افزایش یافت. در آزمایش cdna-aflp در مجموع دو تنش tdf128 جداسازی شد که از این میان، 9% مربوط به رونوشت های القایی، 15% افزایشی، 21% کاهشی، 6% غیر تنشی، 5% خاموش شونده، 26% موقت و 18% مربوط به رونوشت های بازیابی بود. پروتئین های مرتبط با این رونوشت ها در فرایند فتوسنتز، مسیرهای انتقال پیام، تغییرات پس از ترجمه پروتئین ها، متابولیسم سلولی درگیر بودند. نتایج بررسی های فیزیولوژیکی نشان داد که هر یک از این گونه های مورد بررسی با توجه به مکانیسمی که جهت مقابله با تنش خشکی استفاده می کند در یک یا چند خصوصیت نسبت به سایر گونه ها برتری دارند. بنابراین پشنهاد می شود جهت بررسی های آتی (مولکولی) برای خصوصیات مختلف از گونه-های متفاوت استفاده شود. در آزمایش های مولکولی، رونوشت های القایی و افزایشی مربوط به پروتئین هایی بود که احتمالا نقش موثرتری در پاسخ گیاه به تنش دارند. جهت بررسی هر چه بیشتر نقش این ژن ها در پاسخ گیاه به تنش ها، پیشنهاد می شود گیاهان تراریخت حاوی این ژن ها در مطالعات آتی مورد بررسی قرار گیرند.