چکیده رتروترنسپوزون ها عناصر رایج ژنوم گیاهان می باشند. فعالیت زیاد، توزیع وسیع و فراوانی رتروترنسپوزون ها در سراسر ژنوم گیاهی، آن ها را به نشانگرهایی مفید بدل کرده است. ما از چند شکلی تکثیر شده نواحی بین رتروترنسپوزون ها (irap) ، و چند شکلی تکثیر شده رتروترنسپوزون ها و ریزماهواره ها (remap) برای بررسی سطوح تنوع ژنتیکی و فعالیت رتروترنسپوزون های ltr در 105 لاین خالص و 1 گونه وحشی آفتاب گردان (helianthus annuus l.) استفاده نمودیم. سپس برای بررسی تغییر ژنتیکی و جریان ژنی بین، و درون مراکر تحقیقات اصلاح آفتاب گردان، 96 ژنوتیپ از کل ژنوتیپ ها را، بر اساس مراکز تحقیقاتی به هفت گروه تقسیم نمودیم به طوری که در هر گروه حداقل 4 ژنوتیپ موجود باشد. همچنین از نشانگر های irap جهت بررسی تغییر ژنتیکی و فعالیت رتروترنسپوزون ها و جریان ژنی بین و درون 10 توده بومی آفتاب گردان های آجیلی کشور استفاده نمودیم. نتایج نشان داد که رتروترنسپوزون های ltr موجود در ژنوم آفتاب گردان فعال هستند و درون یکدیگر و همچنین نزدیک نواحی ریزماهواره ادغام شده اند. در لاین های خالص آفتاب گردان، در کل و به ترتیب 128 و 120 مکان با استفاده از 14 آغازگر irap و 14 آغازگر remap تکثیر شد که تعداد نشانگرهای چند شکل به ترتیب برابر با 118 و 113 بودند. آزمون مانتل همبستگی معنی داری بین ماتریس های کوفنتیک irap با remap نشان نداد. تجزیه های خوشه ای 106 ژنوتیپ آفتاب گردان را با استفاده از داده های ترکیب شده (irap + remap) بر پایه آلگوریتم upgma و ضرایب تشابه دایس به 9 گروه هتروتیک تقسیم نمود. ضرایب تشابه دایس بر پایه داده های ترکیب شده بین 34/0 تا 93/0 به ترتیب بین لاین های 11×12 &) (f1250/03 و (ha335b &tmb51) متغییر بود. آنالیز واریانس مولکولی بر اساس داده های ترکیب شده 94% تنوع ژنتیکی را درون مراکز تحقیقاتی و 6 % تنوع را بین مراکز نشان داد. در توده های بومی تعداد مکان های تکثیر شده و چندشکل با استفاده از 11 آغازگر irap به ترتیب برابر با 116 و 110 بود کمترین تشابه ژنتیکی با استفاده از ضرایب نئی، 768/0 (همدان و مشهد) و بیشترین آن 879/0 (مرند و اصفهان) بود. تجزیه خوشه ای با استفاده از آلگوریتم upgma توده های بومی را در 3 گروه اصلی قرار داد و آنالیز واریانس مولکولی 87 % تنوع ژنتیکی را درون توده ها و 13% آن را بین توده ها نشان داد.