یکی از پیامدهای گسترش بازار سرمایه تفکیک مالکان از مدیران شرکت ها می باشد. با جدایی مالکیت از مدیریت مشکل نمایندگی بوجود می آید. با شکل گیری رابطه نمایندگی، تضاد منافع بین مدیران و سهامداران و سایر ذینفعان( از جمله دولت) ایجاد می گردد و به طور بالقوه این امکان به وجود می آید که مدیران اقداماتی انجام دهند که در جهت منافع خودشان بوده و ضرورتاً در جهت منافع سهامداران و سایر ذینفعان از جمله دولت نباشد. این امر موجب می شود که سود حسابداری گزارش شده در صورت سود و زیان شرکت ها با سود مشمول مالیات مطابق قوانین مالیاتی تفاوت داشته باشد. این تفاوت دلایل مختلفی دارد. با توجه به اختلاف مزبور، مبلغ مالیات قابل پرداخت نیز طبق گزارشگری مالی شرکت متفاوت از محاسبات مربوط طبق قوانین مالیاتی خواهد شد. در نتیجه نرخ قانونی مالیات با نرخ موثر مالیاتی متفاوت خواهد شد. برای کاهش هزینه های نمایندگی ، سازوکار حاکمیت شرکتی در سازمانها برقرار می شود. در این راستا در این تحقیق سعی می شود نرخ موثر مالیاتی شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران محاسبه شده و در پی آن، میزان نرخ مزبور با برخی از ویژگی های حاکمیت شرکتی مانند اندازه هیات مدیره، دوگانگی نقش مدیرعامل، درصد سهامداران نهادی و درصد اعضا غیر موظف هیات مدیره( استقلال هیات مدیره) سنجیده شود. همچنین سایر متغیرهای مستقل اثرگذار بر نرخ موثر مالیات شامل کیفیت حسابرسی ، اندازه شرکت، اهرم، میزان سرمایه بری شرکت و بازده دارایی می باشند. نمونه ای شامل 76 شرکت طی سال های 1385 تا 1389 با روش داده های ترکیبی مورد بررسی قرار گرفت. نتایج تحقیق نشان داد بین اندازه هیات مدیره و درصد مالکیت سهامداران نهادی با نرخ موثر مالیات رابطه معناداری تایید نشد، در حالی که استقلال هیات مدیره و دوگانگی نقش مدیرعامل با نرخ موثر مالیات دارای رابطه مثبت می باشند.