همواره محدودیت منابع در سازمان ها، مطرح بوده، بنابراین استفاده بهینه از این منابع و ارتقای کارآیی هدف اساسیاست که هر سازمانی به دنبال آن می باشد. دانشگاه ها به عنوان بدنه اصلی آموزش عالی و منبع مهم تامین نیروی انسانی، نقش مهمی در توسعه کشورها دارند. از این رو سنجش جایگاه کارآیی دانشگاه ها و بهبود آن یک هدف مهم به شمار می آید. روش تحلیل پوششی داده ها(dea)، توان رتبه بندی کارآیی را مشروط به عدم تجاوز شاخص های مورد نظر از حدمعینی دارد اما در سنجش جایگاه کارآیی در دانشگاه ها گرایش به سوی مد نظر قراردادن مجموعه نسبتا جامعی از شاخص هاست که در این حالت توان تفکیک کنندگی روش dea به شدت کاهش یافته و نتایج آن از حد اعتبار ساقط می شود. در این تحقیق به منظور فائق آمدن بر این ضعف روش یاد شده، مدلی ترکیبی از مدل های تحلیل پوششی داده های توام (joint dea)، تحلیل پوششی داده های چند لایه ای (mldea) و روش محدودیت های وزنی ارائه شده است. با استفاده از ویژگی مدل joint dea، کارآیی آموزشی و پژوهشی واحد هابه طور همزمان تعیین گردید. ساختار سلسله مراتبی شاخص ها، با توجه به خاصیت مدل mldea، در نظر گرفته شد و در انتها، با استفاده از روش محدودیت های وزنی، سازگاری وزن های تخصیص داده شده به شاخص ها با نظرات متخصصین، تضمین گردید. به عنوان مطالعه موردی، گروه های آموزشی دانشگاه شهید باهنر کرمان ارزیابی و رتبه بندی شده، نتایج حاصله با سایر روش های یاد شده مقایسه گشت.