چنانچه منابع آب موجود در حوضه از کیفیت مطلوبی برخوردار نباشند، می بایست علاوه بر تجزیه و تحلیل های کمی متعارف، تحلیل های کیفی مناسب جهت بررسی امکان بهره برداری از این منابع و یا ارتقا کیفیت آن ها انجام پذیرد. یکی از پارامترهای مهم کیفی آب، شوری آن می باشد. از عوامل تاثیر گذار در شور شدن آب رودخانه عمدتا سرشاخه های شور و عبور رودخانه از سازندهای نمکی می باشد. در این پایان نامه با استفاده از داده های همزمان دبی (q) و شوری ( tds) ، یک مدل توده ای برای توازن جریان و شوری در حوضه آبریز (رودخانه و سرشاخه های آن) و مخزن سد تهیه گردیده است. با استفاده از این مدل تاثیر حذف شاخه های شور در کمیت (حجم) و کیفیت (شوری) شاخه اصلی و در خروجی سد مورد بررسی قرار گرفته است. در ادامه مدلی تهیه شده که اثر حذف شاخه های شور و نتایج حاصل از مدل حوضه و مخزن را بر راندمان تولید محصولات کشاورزی دشت پایین دست مورد بررسی قرار دهد. پس از بدست آوردن شاخه های شور موثر بر بازدهی تولید محصولات کشاورزی با استفاده از برنامه ریزی چند معیاره رتبه بندی حذف آبراهه های شور صورت گرفته است. در این مطالعه حوضه آبریز آجی چای، سد شهید مدنی (ونیار) و دشت تبریز به عنوان مطالعه موردی انتخاب شده اند. بر اساس این تحلیل های زنجیره ای، حذف شاخه های کرچای، نهند پایانی و فرعی اوجان بیشترین تاثیر را در افزایش بازدهی تولید و سود دهی محصولات کشاورزی در دشت تبریز واقع در پایین دست سد شهید مدنی (ونیار) دارا می باشد.