برنج یکی از مهمترین گیاهان زراعی راهبردی و همچنین منابع اصلی تأمین غذای بیش از نیمی از مردم جهان است. برای ارزیابی تغییرات ژنتیکی و مورفولوژیکی 13 لاین موتانت برنج (m3) حاصل از جهش زایی رقم ندا با موتاژن اتیل موتان سولفانات(ems)، از نشانگرهای ریزماهواره (ssr) و ریزماهواره داخلی (issr) استفاده شد. از 53 آغازگر ssr برای تکثیر dnaی ژنومی گیاهان استفاده شد که 41 مکان ژنی امتیاز دهی شدند، ولی تنها 13 مکان ژنی (7/31 درصد) پلی مورفیسم نشان دادند. میانگین تنوع ژنی شاخص نئی 6/10 درصد و میانگین شاخص اطلاعات شانون 16 درصد به دست آمد. همچنین درصد هتروزیگوتی و هموزیگوتی مشاهده شده به ترتیب برابر با 5/5 درصد و 4/94 درصد بود که با مقدار هتروزیگوتی و هموزیگوتی مورد انتظار تفاوت محسوسی داشتند. براساس دندروگرام حاصل از تجزیه داده های ssr با استفاده از ضریب تشابه نئی و الگوریتم upgma، لاین های مورد مطالعه به دو گروه جداگانه تقسیم شدند. همچنین بر اساس آغازگر های issr در کل 96 مکان ژنی امتیازدهی شدند که از این تعداد 74 مکان (08/77 درصد) چند شکلی نشان دادند. میانگین تنوع ژنی نئی 30 درصد و میانگین شاخص اطلاعات شانون نیز 96/43 درصد به دست آمد. برای گروه بندی لاین ها از روش تجزیه خوشه ای با استفاده از ضریب تشابه جاکارد با روش upgma استفاده گردید که لاین های مورد مطالعه را به دو گروه مجزا دسته-بندی نمود. نتایج حاکی از وجود تنوع بالا در بین لاین های مورد مطالعه بود. برای بررسی صفات مورفولوژیک، آزمایشی در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با چهار تکرار در مزرعه دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان اجرا شد. تجزیه واریانس نشان داد تیمار های مورد مطالعه از لحاظ کلیه صفات مورد مطالعه شامل ارتفاع بوته، طول خوشه، تعداد پنجه، بیوماس و عملکرد و اجزای آن مانند تعداد کل دانه، دانه پر، دانه پوک و وزن صد دانه از لحاظ آماری اختلاف معنی داری را نشان دادند که نشان دهنده تأثیر گسترده جهش بر عملکرد و اجزای آن بین لاین های مورد مطالعه می باشد. دندروگرام تجزیه خوشه ای داده های کمّی نیز براساس ضریب تشابه اقلیدسی و روش گروه-بندی upgma با بیشترین مقدار ضریب کوفنتیک، لاین های مورد مطالعه را به دو گروه (در هر دو بلوک ارتفاع و عملکرد) دسته بندی نمود. بهترین لاین از لحاظ عملکرد و اجزای آن نسبت به لاین مادری (رقم ندا)، لاین mt-a و همچنین بهترین لاین از نظر ارتفاع و دیگر خصوصیات اندازه-گیری شده دو لاین mt58 و mt22 بودند.