شبکه های بر هم کنش پروتئینی و شاخص های مرکزیت آنها می تواند نقش پروتئین ها در یک شبکه و میزان اهمیت آنها را مشخص کند. در گراف متناظر این شبکه ها، پروتئین ها عضوهای شبکه هستند و یال بین آنها نشان دهنده برهم کنش متقابل بین آنها می باشد. در شبکه ها همواره عضوهایی که درجه و ضریب خوشه ای بالایی دارند مرکز تشکیل کلاسترهای بزرگ در شبکه هستند که قطب های گروهی شبکه می باشند. این کلاسترهای بزرگ هیچ گاه به طور مستقیم به هم وصل نمی شوند، بلکه عضوهایی با درجه پایین و گذردهی بالا وجود دارند که پل ارتباطی بین این کلاسترها هستند که گلوگاه های شبکه را تشکیل می دهند. در بررسی شبکه برهم کنش تعدادی از باکتری های فعال در پیل های سوختی نشان داده شده است که در همه این باکتری ها، سه کمپلکس اصلی فعال در زنجیره انتقال الکترون، همواره تشکیل کلاستر می دهند در حالی که این کلاسترها در باکتری های دیگر مشاهده نمی شوند. کلاسترهای تشکیل شده توسط راس هایی به هم متصل شده اند که نماینده پروتئین های کلیدی در زنجیره انتقال الکترون هستند. به دلیل اهمیت این پروتئین ها، بر هم کنش های مربوط به آنها با اطمینان بالا در مراجع مختلف گزارش شده است. پروتئین های کلیدی آنزیم هایی هستند که وظیفه تبدیل متابولیت های مختلف زنجیره انتقال الکترون از سیکل کربس تا پذیرنده نهایی الکترون را به عهده دارند.