نشانگرهای ssr به علت چند شکلی بالا، امتیازدهی همبارز، توزیع ژنومی فراوان، تکرارپذیری بالا، ابزارهای قوی برای مطالعات ژنتیکی و تکاملی می باشند. با توجه به اینکه طراحی آغازگرهای اختصاصی براساس توالی های احاطه کننده حفاظت شده جایگاه های ریزماهواره ها نیازمند صرف هزینه و زمان و امکانات آزمایشگاهی پیشرفته است، استفاده از آغازگرهای طراحی شده یک گونه در گونه های خویشاوند، برای غلبه بر این مشکل مد نظر قرار گرفته است. در مطالعه حاضر، انتقال پذیری و چندشکلی 153 جفت آغازگر ssr گندم در 144 توده بومی، رقم تجاری و لاین اصلاحی جو مورد بررسی قرار گرفت. از بین آغازگرهای بررسی شده، 132 آغازگر (86%) در جو تکثیر نشان دادند و فقط شش جفت آغازگر چندشکل بودند. در مجموع 25 آلل با متوسط 57/3 آلل به ازای هر جایگاه تولید شد. متوسط میزان اطلاعات چندشکلی (pic) برای نشانگرهای چندشکل، 46/0 با دامنه 37/0 و 62/0 به ترتیب برای نشانگرهای barc66 و wmc327 بدست آمد. تجزیه خوشه ای با استفاده از الگوریتم neighbor-joining و ضریب فاصله تکاملی p-distance براساس داده های حاصل از این نشانگرها، ژنوتیپ ها را به چهار گروه منتسب کرد. علاوه بر این، 63 جفت آغازگر ssr جو نیز برای بررسی تنوع ژنوتیپ ها استفاده گردید و 45 جفت آغازگر چند شکل در مجموع 225 آلل با دامنه 2 تا 14 و میانگین 5 آلل به ازای هر جایگاه تکثیر کردند. میزان اطلاعات چندشکلی برای این نشانگرها بین 05/0 تا 90/0 با میانگین 51/0 متغیر بود. کمترین و بیشترین فراوانی آلل شایع مربوط به نشانگرهای ebmac0788 (13/0) و gbm1411 (97/0) بود. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که واریانس درون گروهی (94 درصد) سهم بیشتری در تبیین واریانس مولکولی کل در مقایسه با واریانس بین گروهی داشت. حداکثر و حداقل شاخص های شانون و تنوع ژنی نی به توده های بومی ایران و مصر تعلق داشت. تجزیه خوشه ای با استفاده از الگوریتم neighbor-joining و ضریب فاصله اقلیدسی ژنوتیپ ها را به شش گروه منتسب کرد. این گروه بندی تا حدودی با مناطق جغرافیایی ژنوتیپ ها مطابقت داشت.