ایران یکی از کشورهای مهم تولیدکننده مرکبات به شمار می آید که شناسایی، عرضه و معرفی ارقام جدید نقش مهمی در توسعه پایدار صنعت مرکبات در کشور می تواند داشته باشد. یکی از چالش-ها در شناسایی ارقام جدید، بهره گیری از مارکرهای مولکولی می باشد که به نوبه خود مستلزم صرف هزینه و آزمایشگاه مناسب است. بر این اساس روش های مبتنی بر نشانگرهای مورفولوژیکی می تواند در صورت گونه-اختصاصی بودن آنها، مفید باشند. در مرکبات، شکل بذر و ویژگی های ریخت شناختی آن می تواند به عنوان صفتی ارزشمند در شناسایی ارقام مورد استفاده واقع گردد. در این پژوهش از 9 گونه و رقم مرکبات استفاده شد که عبارتند بودند از: 1- گریپ فروت 2- سیتروملو 3- کامکووات 4- لیمو شیرین 5- لیمو ترش 6- نارنگی انشو 7- نارنگی یونسی 8- نارنج سه برگ 9- پرتقال سیاورز. از هر گونه و رقم تعداد 30 عدد بذر تهیه گردید، که این بذور در طی 2 مرحله عکس برداری شدند. عکس برداری یک بار با انتگومان بیرونی و یک بار با انتگومان درونی (پس از حذف لایه بیرونی بذر) انجام گرفت. شناسایی لبه تصاویر برداشت شده با نرم افزارهای آنالیز تصویر انجام گردید و ویژگی های شکل هر تصویر بر پایه تبدیل فوریه ، تجزیه و تحلیل شد. با نتایج بدست آمده از مورفومتری پیرامون همه 30 بذر برداشت شده به ازای هر رقم، شکل شاخص بذر با پوسته بیرونی و درونی تهیه شد. مقایسه آماری شکل های شاخص 9 رقم با بهره گیری از روش الپتیکال فوریه، نشان دهنده تفاوت و یا تشابه بین آنها بود. باوجود 20% تفاوت در مورفومتری بذر، می توان از آن به عنوان یک مارکر مورفولوژیکی در شناسایی ارقام استفاده کرد. نتایج حاصل از آنالیز تشخیص کانونی شکل بذر مرکبات همراه با انتگومان بیرونی نشان داد که 89.6 % گروه ها بطور صحیح تفکیک شدند. همچنین، نتایج حاصل از آنالیز تشخیص کانونی شکل بذر مرکبات همراه با انتگومان درونی نشان داد که 84.4 % گروه ها بطور صحیح تفکیک گردیدند. در نهایت آنالیز تشخیص کانونی شکل بذور مرکبات همراه با انتگومان بیرونی با 89.6% تفکیک بهتر از انتگومان درونی با 84.4% تفکیک بود.