بابونه آلمانی یکی از گیاهان دارویی و یکساله با نام علمی chamomilla l. matricariaاز خانواده کاسنی می باشد. مهم ترین هدف از کشت گیاهان دارویی استفاده از مواد موثره و متابولیت های ثانویه ی آن ها می باشد. با توجه اهمیت خاک در تأمین آب و مواد غذایی برای گیاهان، لازم است تأثیر آن بر عملکرد و تولید مواد موثره این گیاهان مورد بررسی قرار گیرد. از طرف دیگر، گیاهان قادر هستند در ریزوسفر تغییراتی ایجاد نمایند و در راستای جذب عناصر از خاک، موجب تغییرات کانی-شناسی گردند. این تحقیق به منظور بررسی تأثیر ویژگی های خاک های مختلف و کاربرد کوددامی بر ویژگی های آگرومورفولوژیکی و عملکرد گیاه بابونه و همچنین تأثیر کشت این گیاه و کاربرد کوددامی بر تغییرات احتمالی کانی های برخی ازخاک ها، انجام شد. بدین منظور، از افق سطحی (صفر تا 30 سانتی متری) خاک های استان چهارمحال و بختیاری نمونه برداری صورت گرفت. آزمایش، گلدانی به صورت فاکتوریل و در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی در سه تکرار انجام گردید. برای اعمال کوددهی، 5/136گرم کود گاوی پوسیده (بر مبنای 30 تن در هکتار) قبل از کشت به خوبی با خاک گلدان های مورد نظر مخلوط گردید. ابتدا ویژگی های فیزیکی و شیمیایی خاک ها تعیین گردید و پس از دوره کشت، ویژگی های رویشی، عملکرد گیاه، درصد اسانس و درصد کامازولن نیز اندازه گیری شد. داده های حاصل به صورت تک متغیره و چندمتغیره مورد آنالیز قرار گرفتند. مطالعات کانی شناسی برای پنج خاک در دو مرحله قبل از کشت و بعد از برداشت گیاه (تیمارهای با کود و بدون کود) و در دو بخش رس و سیلت خاک، توسط دستگاه پراش اشعه ایکس نیز انجام پذیرفت. نتایج نشان داد که خاک های مختلف تاثیر متفاوتی بر ویژگی های رویشی، عملکرد و درصد کامازولن دارند. نتایج آنالیز چند متغیره (ra) نشان داد که میزان گوگرد، فسفر قابل جذب و پتاسیم محلول، ماده آلی و درصد کربنات کلسیم معادل، به ترتیب، از مهم ترین فاکتورهای تاثیرگذار بر ویژگی های گیاه بابونه می باشند و می توانند ویژگی هایی از جمله تعداد گل، عملکرد گل تازه و خشک، عملکرد کاه، عملکرد اسانس و درصد کامازولن را به شدت افزایش دهند. همچنین، کوددهی بر تعداد گل، عملکرد گل تازه و خشک، تعداد پنجه بارور، تعداد شاخه اصلی و گل دهنده، گستردگی گیاه و درصد کامازولن نقش مثبت و معنی-داری داشته است. نتایج مطالعات کانی شناسی در بخش رس، حاکی از آن است که در خاک قبل از کشت، کانی های میکا، ورمی کولیت، کائولینایت و کلریت تری اکتاهدرال وجود داشته است که پس از کشت گیاه بابونه و کاربرد کود دامی، کانی کائولینایت از خاک حذف گردیده و کلریت تری اکتاهدرال (غنی از آهن) به کلریت دی اکتاهدرال (غنی از آلومینیوم) تبدیل شده است. در بخش سیلت، در اکثر خاک ها قبل از کشت، کانی فلدسپار وجود داشته که در اثر کشت گیاه بابونه به کانی آمفیبولیت تبدیل گردیده است.