دین اسلام بعنوان آخرین و کامل ترین دین آسمانی شامل ساده ترین مسائل فردی و اجتماعی تا عمیق ترین مسائل هستی شناسی به اندازه عمر و عمق هستی است. شرایط فکری و فرهنگی مسلمانان صدر اسلام و محصور بودن پیشوایان معصوم از طرفی و برخوردار بودن آموزه های دینی از عمق و ژرفای و بواطن و مراتب از طرفی دسترسی به قله رفیع معارف اسلامی را محدود کرد. بر این اساس دغدغه متفکران مسلمان در هر عصری خصوصاً بعد از عصر ترجمه دست یابی به فهم درست آموزه های دینی بود. در این میان خردورزان و فیلسوفان اسلامی به ویژه صدرالمتألهین از اصول و مبانی علم شریف فلسفه برای هستی شناسی و اثبات و تبیین گزاره ها و آموزه های دینی بهره گرفته است. ملاصدرا در حوزه خداشناسی با طرح اصول و مبانی فلسفی همچون: اصالت وجود و تشکیک وجود برای اثبات ذات حق و توحید ذاتی و صفاتی و افعال و عدم ترکیب ذات حق تعالی و فقر ذاتی ممکنات بهره جسته است. و با طرح اصل فلسفی بسیط الحقیق? کل الاشیاء مسأله پیچیده کثرت در وحدت و وحدت در کثرت را حل نموده و مسأله علم الهی به اشیاء قبل از ایجاد و عینیت ذات و صفات و اثبات همه ی کمالات و اوصاف را برای حق تعالی را برهانی می کند. ایشان در حوزه نبوّت بعد از اثبات ضرورت نبوّت با تقسیم بندی انسانها، پنج گروه جایگاه نبی را بعنوان کامل ترین انسان مشخص می سازد و او با طرح قوس نزول و صعود پیامبر را بر قل? رفیع قوس صعود قرار داده و با تشریح قوای سه گانه حساسه، متخیّله و عاقله انسان پیامبر را جامع الانوار حسی و خیالی و عقلی می داند. همچنین ملاصدرا با اشاره به مراتب عقل: عقل هیولانی، عقل بالملکه، عقل بالفعل و عقل بالمستفاد پیامبر را موجودی می داند که با عقل فعال متصل و متحّد شده و همه علوم و حقایق را از او دریافت می کند و او نبوت را منقطع ندانسته و امامت و ولایت فقیه را در مسیر نبوت می داند. ملاصدرا در حوزه معاد اصول بیشتری را تأسیس نموده تا مشکل معاد جسمانی را به زیبایی حل کند، ایشان از دو اصل اصالت وجود و اینکه تشخیص هر چیزی به وجود است نتیجه می گیرد که حقیقت انسان همیشه محفوظ است و او وارد محشر می شود گرچند ظاهر انسان متغیر باشد. و او از قاعده فلسفی تشکیک وجود اثبات می کند که بدن اخروی هر شخص همان بدن دنیوی او است. و با ابتکار حرکت جرهری ادعا می کند که بدن اخروی او همان بدن دوران کودکی است که تکامل یافته است. او همچنین با طرح اصولی همچون: شیئت شییء به صور ت است نه به ماده، وحدت شخصیه وجود و تجرد قوه خیال و.... جنبه ی از جنبه های مبهم معاد و نحوه حشر انسانها حتی همه موجودات را روشن می کند.