گندم مهمترین محصول غله و رژیم غذایی ثابت، برای بیش از یک سوم جمعیت جهان می باشد و سهم عمده ای را در تامین پروتئین و کالری مورد نیاز دارد.. برای تشخیص و شناسایی ارقام از تکنیکی بنام انگشت نگاری dna استفاده می شود. که شامل استفاده از الگوی قطعات dna که با استفاده از روش pcr تولید می شوند و برای ایجاد یک الگوی منحصر به فرد از قطعات dna در یک فرد به کار برده می شود. به این منظور از 37 آغازگر rapd و 42 رقم گندم نان استفاده شد که بعد از آزمایشات اولیه 20 آغازگر انتخاب شدند. دراین پژوهش از 132 باند تولید شده، 88 باند (67/ 66درصد) پلی مورفیسم نشان دادند، که از 2 تا 7 باند پلی مورف برای هر پرایمر متغیر بود و به طور متوسط سهم هر پرایمر 4/4 باند پلی مورف بود. آغازگرrapd57 بیشترین تعداد باند را تولید نمود و آغازگرهای (tibmbb-13 rapd52 tibmba-07 ,tibmbb-09) با تولید هشت باند واضح در رتبه بعدی قرار گرفتند، همچنین آغازگرهای rapd28, rapd58 هر کدام با هفت باند پلی مورف بیشترین میزان پلی مورفیسم را تولید نمودند. rapd68 توانست ارقام امید و آزادی را از بین ارقام مورد مطالعه تشخیص دهد، همچنین آغازگرopb08 توانست ارقام چناب، سپاهان و سالیاسونز را تفکیک کندآغازگرهاtibmbd-17, tibmbb-09 توانستند باعث تشخیص رقم اترک از سایر ارقام شوند. نتایج حاصل از تجزیه کلاستر به روش upgma با استفاده از نرم افزار ntysis نشان داد که در خط برش79/0 ژنوتیپ های مورد مطالعه در هفت گروه قرار گرفتند. ارقام سیستان و گاسپارو دارای بیشترین شباهت بودند و ارقام ویری ناک، اترک، آزادی در گروه های جدا از هم قرار گرفتند. تجزیه واریانس مولکولی(amova) نشان می-دهد که یک درصد از واریانس مربوط به واریانس بین جمعیت ها و 99 درصد از واریانس به درون جمعیت ها مربوط می شود.