در این پژوهش به منظور ارزیابی و انگشت نگاری بخشی از ژرم پلاسم برنج کشور که شامل 28 رقم محلی و 19 رقم خارجی می باشد، از نشانگر مولکولی aflp استفاده گردید. با استفاده از 20 ترکیب آغازگری تعداد 1274 نوار (باند) بدست آمد، که تعداد 764 نوار (60%) چند شکلی نشان دادند. از بین آغازگرهای مورد استفاده، ترکیب آغازگری e-ttg , m-cat با 107 نوار بیشترین تعداد نوار و ترکیب آغازگری e-agg , m-ctgبا 34 نوار کمترین تعداد نوار را تولید کردند. مقدار متوسط محتوای اطلاعات چند شکلی (pic) برای تمامی آغازگرها برابر با 0.656 بدست آمد. همچنین متوسط شاخص نشانگر مقدار عددی 37.3 را نشان داد. بهترین ترکیب آغازگری برای تفکیک بهتر نمونه های برنج ترکیب آغازگری e-gtg , m-cct با شاخص نشانگر 49 تشخیص داده شد. تجزیه و تحلیل کلاستر بر مبنای ضریب تشابه دایس حداکثر تشابه را بین ارقام ایتالیایی ribe و roma با مقدار 0.97 و حداقل تشابه را بین jasmine85 و سنگ جو با مقدار 0.4180 نشان داد. مقدار متوسط ماتریس تشابه دایس 0.68 بود. به منظور خوشه بندی از الگوریتم upgma و ضریب تشابه دایس استفاده شد. بر این اساس 47 نمونه برنج به چهار گروه دسته بندی شد، که هر کدام از گروه ها به ترتیب 13/2 ، 9/31، 67/27 و 3/38درصد از ژنوتیپ ها را شامل شدند. این خوشه بندی به وضوح ارقام داخلی و خارجی و حد واسط را از هم جدا نمود. نشانگر aflp توانست اثر انگشت منحصر به فردی را برای تمامی ارقام ایجاد کند. به طوری که با ترکیب سه نشانگر e-agg, m-ctg و e-caa , m-cac و e-ttg , m-cat می توان کلیه این ارقام را تعیین مشخصه نمود. با توجه به شناسایی گروه های هتروتیک، از نتایج حاصل از این تحقیق می توان در برنامه های اصلاحی جهت تولید ارقام هیبرید و امید بخش استفاده نمود.