خرما یکی از محصولات باغی مهم است. اهمیت خرما به دلیل صادراتی بودن آن و نیز ارزش غذایی بالا و محصولات متعدد و متنوعی دیگری است که از آن بدست می آیند. شناخت تنوع ژنتیکی و طبقه بندی ذخایر توارثی (ژرم پلاسم) از فعالیت های مهم و ضروری در به نژادی و مدیریت حفظ ذخایر ژنتیکی گیاهان می باشد. در این تحقیق 75 نمونه از 15 جمعیت درخت خرما به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی توسط نشانگرهای مولکولی issr و rapd مورد بررسی قرار گرفتند. در بررسی تنوع ژنتیکی این نمونه ها از 14 آغازگر 17 و 18 نوکلئوتیدی issr در مجموع 162 باند تولید شد که از میان آن ها 155 باند چندشکل بودند. بیشترین تعداد الل های تکثیر شده و تعداد الل های چندشکل مربوط به آغازگر 886 ubc، بیشترین شاخص محتوای چندشکلی مربوط به 884 ubc و بیشترین شاخص نشانگر مربوط به 840 ubc است. بیشترین و کمترین تشابه ژنتیکی نیز به ترتیب بین جمعیت های دیری و گنتار (994/0) و کبکاب با هر یک از جمعیت های دیری و گنتار (941/0) مشاهده شد. همچنین استفاده از 10 آغازگر 10 نوکلئوتیدی rapd در بررسی تنوع ژنتیکی 132 باند تولید شد که 122 باند از میان آن ها چندشکل بودند. بیشترین تعداد کل الل های تکثیر شده، تعداد الل های چندشکل، شخص محتوای چندشکلی و نیز بیشترین شاخص نشانگر مربوط به 211 oligo است. همچنین در روش rapd نیز مشخص شد که بیشترین و کمترین تشابه ژنتیکی به ترتیب میان دو جمعیت گنتار و دیری (993/0) و خضراوی با هر یک از جمعیت های گنتار و دیری (945/0) مشاهده شد. مقادیر ضریب همبستگی کوفنتیک بین ماتریس عدم تشابه دایس و تجزیه خوشه ای در دو روش issr و rapd به ترتیب 873/0 و 884/0 برآورد گردید و تجزیه خوشه ای در هر دو سیستم نشانگری issr و rapd با استفاده از روش nj و ماتریس عدم تشابه دایس انجام گرفت. تجزیه خوشه ای در دو روش issr و rapd به ترتیب 15 جمعیت مورد بررسی را در 2 و 3 گروه قرار داد. همبستگی بالای دو ماتریس عدم تشابه دایس در روش rapd و issr (988/0 = r) نشان دهنده همخوانی اطلاعات دو سیستم نشانگری استفاده شده در تعیین هویت مولکولی جمعیت های مورد نظر می باشد. تجزیه واریانس مولکولی تلفیق دو نشانگر نیز نشان داد که اختلاف بین جمعیت های مختلف استفاده شده در این تحقیق از لحاظ الل تکثیر شده در دو سیستم نشانگری issr و rapd معنی دار است. نتایج این پژوهش نشان داد که هر دو نشانگر issr و rapd روش-های کارآمد برای مطالع تنوع ژنتیکی میان جمعیت های خرما می باشند.