سودموناس های فلورسنت با تولید طیف وسیعی از آنتی بیوتیک های ضد قارچی و قابلیت بالای کلنیزاسیون ریشه در زمان و مکان مناسب، به عنوان کارآمدترین عوامل بیوکنترل برای بیماری های ریشه شناخته می شوند. در این تحقیق الگوی کلنیزاسیون 4 استرین از pseudomonas fluorescens در زمان-های 5، 12 و 21 روز پس از کاشت بذور آغشته به استرین ها(غوطه ور کردن بذور در سوسپانسیون با رقت cfu/ml 109×5/ 4) در گلدان های 800 گرمی حاوی مخلوطی از خاک و 8% اینوکولوم ggt، بررسی و جمعیت باکتری ها در سه ناحیه بالائی ، میانی و انتهایی ریشه ی گیاه گندم بر اساس واحد cfu تعیین شد و رابطه آماری الگوی کلنیزاسیون ریشه با شاخص بیماری پاخوره مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج نشان داد که الگوی کلنیزاسیون باکتری ها در زمان ها و نواحی مختلف ریشه متفاوت و معنادار می باشد. در اولین زمان نمونه برداری جمعیت باکتری در ناحیه بالایی و میانی ریشه بالاتر بود. در حالی که در سومین زمان چگالی باکتری در نواحی ذکر شده کاهش و در ناحیه انتهایی افزایش یافت. بررسی رابطه بین الگوی کلنیزاسیون و شاخص بیماری نشان داد که جمعیت باکتری به طور معنی-داری روی کاهش شدت بیماری اثر دارد و بیشترین تاثیر جمعیت باکتری در کاهش شدت بیماری برای نوک ریشه مشاهده شد( 99.6%r2= ). به این ترتیب می توان نتیجه گرفت که قابلیت کلنیزاسیون بهتر و موثرتر انتهای ریشه بوسیله 4 جدایه مورد استفاده ارتباط نزدیکی با توانایی آنها در کنترل بیماری پاخوره دارد و این امر نقش کلیدی در کنترل موفق بیماری به وسیله جدایه ها ایفا می کند.