این پژوهش، دیدگاه مکتب تفکیک و علامه طباطبایی را در ارتباط با عقل و وحی مورد بررسی قرار می دهد. موسّسان وپیروان مکتب تفکیک نظریاتی را مطرح می کنند که حاصل این نظریات، دستاوردهای فلسفی و عرفانی را به چالش می کشد. در این مکتب، بر جدایی سه راه و روش معرفت، یعنی جریان «وحی، عقل و کشف» تأکید می شود. عقل، نوری مجرد، بسیط، ظاهر بالذات و مظهر للغیر و موجود مستقل خارجی تلقی می شود که با عقل فلسفی مغایرت دارد؛ زیرا عقل فلسفی با نفس انسان سر و کار دارد که از نظر آنان موجودی مادی و ظلمانی است. علم نیز همانند عقل، نور مجرد و خارج از حقیقت انسان محسوب می شود. معارف بر دو قسم بشری و الهی تقسیم می شوند. این دو معرفت، جدای از یکدیگر قرار دارند و دارای اوصاف مختص به خود می باشند. معرفت بشری متشکل از عقل فلسفی است که با روش قیاسی و با تألیف مقدمات به یقین نائل می شود لیکن مطابقت آن با واقع قابل اعتماد نیست. در حالی که معارف الهی بر «تذکر« استوار است که یقینی و قابل اعتماد است. بر اساس نگرش مکتب تفکیک، اعتقاد به حجیت محکمات و ظواهرآیات و روایاتی که تواتر لفظی یا معنوی دارند فطری است؛ لذا احتیاج به اقامه ی برهان عقلی ندارد. بنابراین اصالت براهین عقلی نمی تواند مقّدم بر ظواهر و محکمات باشد. همچنین با یادآوری دو نوع عقل نوری(فطری) و اصطلاحی(فلسفی)، عقل فطری با وحی معارضه نمی کند. تعارض ممکن است بین دلیل نقلی و عقل اصطلاحی فرض شودکه یا درباب معارف الهی است و یا در باب غیوبی است که خداوند متعال علم آنها را از دیگران مخفی داشته است. در هردو صورت تقدم با دلیل نقلی است. علامه طباطبایی«ره» که مدافع هماهنگی «قرآن، برهان و عرفان»، است تفکر و بصیرت عقلی و فلسفی را جزء متن دیانت اسلامی محسوب می کند. وی فلسفه را مقابل وحی قرار نمی دهد بلکه آن را علمی می داند که انسان را در درک عمیق وحی یاری می کند و معتقد است بین روش انبیا در دعوت مردم به حق و آنچه که انسان از طریق استدلال درست و منطقی به آن دست می یابد فرقی وجود ندارد. تفاوت تنها در این است که پیامبران از مبدأ غیبی استمداد می جستند. علّامه، همواره بر لزوم هم سویی عقل با وحی تأکید می کند و معتقد است اگر تعارض بین استنتاج ظنی وحی و استنتاج قطعی عقل به وجود بیاید باید وحی را طوری تفسیر کرد که مطابق با عقل باشد.