در فضای رقابتی کنونی، نقش تأثیرگذار مراکز توزیع در تحویل به موقع کالا به مشتری و کاهش هزینه های موجودی توجه بسیاری از مدیران زنجیره تأمین را به خود جلب کرده است. در این بین سیستم انبارهای عبوری با مزایایی چون چابکی زنجیره تأمین، گردش بالای موجودی، هزینه پایین نگهداری موجودی، هزینه پایین حمل نقل و فضای کم مورد نیاز برای موجودی، کمپانی های لجستیکی زیادی را متقاعد به استفاده از این سیاست موجودی و انبارداری کرده است. در این مطالعه زمان بندی کامیون ها در سیستم انبار عبوری با در نظر گرفتن رویکرد قطع سرویس و نیز محدودیت زمان خروج کامیون های خروجی مورد توجه قرار گرفته و تأثیر این رویکرد بر هزینه ی سیستم، که به صورت هزینه ی جریمه به ازای تعداد واحد کالاهای تخصیص نیافته، به علاوه ی هزینه عملیاتی مربوط به زمان در نظر گرفته شده بررسی شده است. به منظور دست یابی به بهترین توالی کامیون ها در درب های تخلیه و ارسال، به گونه ای که کل هزینه ی عملیاتی مینیمم گردد، مساله به صورت مدل برنامه ریزی عدد صحیح ترکیبی فرمول بندی شده است. پس از حل مدل در ابعاد کوچک با روش حل cplex،. برای مسائل با ابعاد متوسط و بزرگ، دو الگوریتم فرا ابتکاری تجمع پرندگان و ژنتیک پیشنهاد شده است. سپس پارامترها و عملگرهای این الگوریتم ها با استفاده از طراحی آزمایش ها به دست آمده، و مسائل مختلف با ابعاد بزرگ با استفاده از این الگوریتم ها حل شده است. در پایان نیز نتایج به دست آمده تحلیل شده، که حکایت از کارایی الگوریتم ژنتیک نسبت به تجمع پرندگان دارد.