چکیده سابقه و هدف: ttvاولین سیرکوویروس انسانی است که در سال 1997 در ژاپن از بیماران مبتلا به هپاتیت با عامل ناشناخته، جداسازی گردید. از آن زمان تا کنون مطالعات متعددی بر روی جنبه های مختلف عفونت زایی این ویروس انجام شده است. هدف مطالعه حاضر، تعیین ژنوتیپ های غالب ویروسttv در 240 بیمار آلوده به ویروس هپاتیتc با استفاده از توالی ناحیه 5?-utr می باشد. مواد وروش ها: مطالعه انجام شده از نوع توصیفی و جمعیت مورد مطالعه افراد آلوده به ویروس هپاتیت c بود که از نظر وجود dna ویروسttv و ژنوتیپ آن با روش pcr و با استفاده از دو جفت پرایمر برای ناحیه 5?-utr مورد مطالعه قرار گرفتند. یافته ها: در این مطالعه نمونه های 240 بیمار مبتلا به هپاتیت c مزمن مراجعه کننده به مرکز تحقیقات بالینی استاد البرزی شیراز برای عفونت ttvمورد بررسی قرار گرفتند که از این تعداد،220 نمونه (92درصد) بوسیله پرایمرهای ناحیه 5?-utrو 12 نمونه(5درصد) بوسیله پرایمرهای ناحیه n22 مثبت بودند. ژنوتیپ غالب در این بررسی از نوع ژنوتیپ 11 بود، اما ژنوتیپ های 22، 17، 3، 1 نیز حضور داشتند و تعدادی از توالی های بدست آمده نیز غیر قابل طبقه بندی بودند. نتیجه گیری: شیوع ویروسttv در بین بیماران مبتلا به هپاتیتc مزمن با استفاده از پرایمرهای ناحیه5?-utr بالا بود و تقریبا با مطالعات کشورهای دیگر همخوانی داشت اما با استفاده از پرایمرهای ناحیه n22 در این مطالعه شیوع پایین تری به دست آمد. در مجموع ارتباط معنی داری بین سن و جنس با میزان شیوع ویروس وجود نداشت. شیوع بحث انگیز و یا حتی بالای ویروس در بین بیماران مبتلا به هپاتیتc شیراز در مقایسه با دیگر مطالعات صورت گرفته یک ضرورت برای مطالعه بیشتر را در زمینه ارتباط این دو ویروس ایجاد می کند.

مقدمه : به کار بردن ترکیبی از داروهای ضد رتروویروسی (haart) ثابت شده که بطور قابل توجهی در کنترل پیشرفت بیماریhiv-1 موثر می باشد و باعث افزایش طول عمر بیمار می شود ، اما این وضعیت می تواند با توسعه ی مقاومت دارویی به خطر بیفتد. گسترش سویه های hiv-1 که حساسیت آنها نسبت به داروهای ضد رتروویروسی کاهش یافته است، دلیل اصلی شکست درمانی می باشد. بنابراین آزمایشات مقاومت دارویی، ابزار مهمی در مدیریت بیماران آلوده با hiv-1 تحت درمان می باشد. مواد و روش ها: بعد از طراحی پرایمرها برای ناحیه ی ژنی پروتئاز، rna ویروسی استخراج و سپس rt nested-pcr، برروی نمونه ها انجام و محصولات نهایی توالی یابی گردید. توالی ها با استفاده از نرم افزار bioedit ویرایش و با mega4 همردیف سازی آنها انجام گرفت و در نهایت با توالیهای رفرانس مقایسه گردید. آنالیز فیلوژنیک بوسیله ی mega4 انجام شد. از standford hiv sequence databaseبرای جستجوی مقاومت های دارویی استفاده شد. نتایج: تجزیه و تحلیل توالی یابی، هیچگونه مقاومت دارویی را نسبت به مهار کننده های پروتئاز نشان نداد و آنالیز فیلوژنتیک مشخص نمود که، تحت گونه a1 در ایران غالب می باشد. نتیجه گیری: آنالیز فیلوژنتیک می تواند در استراتژی پیشگیری و کنترل برنامه ریزی ها مفید باشد. در حال حاضر استفاده ی گسترده از داروهای ضد رتروویروسی احتیاج به تجزیه و تحلیل جامع تر مقاومت ژنوتیپی دارد.

مقدمه: امروزه از روش های مختلف مدل سازی در پزشکی بالینی، در تشخیص بیماری ها و بررسی ویژگی های مولکولی آنها استفاده می شود. در میان روشهای نوین مدلسازی، سیستمهای فازی از جایگاه ویژه ای در زمینه های مختلف علوم برخوردارند. هدف از این مطالعه بکارگیری یک مدل هوشمند ریاضی برای پیش بینی قدرت زنوتیپی ویروس hiv بر اساس تعدادی از ویژگی های ساختاری پپتید حاصل از ناحیه ی v3 loop است. مواد وروش ها: در مطالعه ی حاضر یک جفت پرایمر دژنره طراحی و بهینه سازی گردید و در ترکیب با hemi nested pcr برای تشخیص تاحیه ی v3- loop ژن env طیف وسیعی از ژنوتیپ های ویروس hiv-1 که دارای تغییرات نوکلئوتیدی بسیار شدید است استفاده گردید. در مرحله ی بعد گروهی از ویژگی های پپتید حاصل از ناحیه ی v3 برای مدل سازی زنوتیپ های ویروس با استفاده از شبکه های عصبی مصنوعی مورد مطالعه قرار گرفتند.بحث: در این مطالعه، از دو پرایمر دژنره جدید با قابلیت اتصال به نواحی اختصاصی از ژنوم استفاده گردید. در مرحله بعد داده های مولکولی بدست آمده از تکثیر ناحیه ی v3- loop برای مدل سازی ریاضی مورد استفاده قرار گرفتند. مدل ایجاد شده به خوبی موفق به تشخیص ژنوتیپ ویروس از روی خصوصیات تعیین شده بود.

مقدمه: اینتر فرون گاما یک سیتوکین دارای چندین عملکرد بوده که یک نقش حیاتی را در پاسخ ایمنی به ویروس هپاتیت ب ایفا می کند.هدف از این مطالعه بررسی ارتباط پلی مرفیسم واقع در دو جایگاه پروموتوری گیرنده شماره یک اینترفرون گاما و حساسیت به عفونت مزمن ناشی از ویروس هپاتیت ب می باشد. روش و مواد: دی ان ا ژنومیک از نمونه های خون محیطی مربوط به دویست نفر بیمار مزمن عفونت یافته با ویروس هپاتیت ب و دویست نفر از افراد شاهد بر طبق روش فنل کلروفرم استخراج شده و دی ان ا آن ها توسط روش پی سی آر- آر اف ال پی آنالیز گردید. نتایج: فراوانی ژنوتیپ های گیرنده شماره یک اینترفرون گاما در جایگاه 56- پروموتوری به صورت 6/36 % ژنوتیپ tt ، 5/43% ژنوتیپ tc ، 20% ژنوتیپ cc برای گروه شاهد و 9/20% ژنوتیپ tt ، 7/51% ژنوتیپ tc ، 4/27 ژنوتیپ cc برای گروه کنترل با p=0/002 و فراوانی این زنوتیپ ها در جایگاه 611 - به صورت 41% ژنوتیپ aa ، 5/57% ژنوتیپ ag ، و 5/1% ژنوتیپ gg در گروه بیمارو 8/37% ژنوتیپ aa ، 7/53% ag ، 5/8% ژنوتیپ gg برای گروه کنترل با p=0/006 بدست آمد.اختلاف معنا داری بین دو گروه مورد و شاهد مشاهده گردید. بحث: ظرفیت ژنتیکی تولید سیتوکاین و گیرنده آن در اشخاص اثر مهمی روی پاسخ ایمنی دارد. چندین نوع از پلی مرفیسم های نوکلئوتیدی تک (snp) در پروموتور گیرنده شماره یک اینترفرون گاما انسانی شناسایی شده است.پلی مرفیسم در دو جایگاه snp-56 t/c و snp-611 a/g با چندین مورد از بیماری های عفونی مزمن در ارتباط بوده است ، در این مطالعه ارتباط معناداری بین دو جایگاه پلی مرفیسم و افزایش خطر ابتلا به بیماری مزمن هپاتیت ب در افراد حاضر در پژوهش مشخص گردید. کلید واژه : هپاتیت ب ، پلی مرفیسم، گیرنده شماره یک اینترفرون گاما

gbv-c از اعضای خانواده فلاوی ویریده بوده و به تازگی پیشنهاد شده که در جنس جدیدی در این خانواده بنام پگی ویروس طبقه بندی شود. انتشار جهانی این ویروس شایع بوده تا جایی که، بعضی مطالعات یک چهارم جمعیت انسانی را آلوده به این ویروس می دانند. راه های انتقال این ویروس از مسیر خون و فرآورده های آن، مادر به جنین و با میزان بسیار بیشتر نسبت به سایر مسیرها، از طریق جنسی است. از آنجا که راه انتقال این ویروس با عوامل ایجاد هپاتیت (hbv,hcv) و عامل ایدز (hiv) مشترک است، عفونت همزمان این ویروس ها بر حسب جمعیتهای مورد مطالعه شایع می باشد. براساس تنوع در توالی نوکلئوتیدی ناحیه ی 5utrژنوم gbv-c، تاکنون 6 ژنوتیپ از این ویروس شناسایی شده است. ژنوتیپ های آسیایی این ویروس عبارتند از: ژنوتیپ 2،3و6. هدف از این مطالعه بکارگیری روش pcr-rflpبا استفاده از ناحیه ی 5utr ژنوم gbv-c، به منظور تعیین ژنوتیپ های ویروس، در بین افراد مبتلا به عفونت hbv و ارزیابی میزان شیوع این ویروس در جمعیت مورد مطالعه می باشد. برای این مطالعه تعداد 100 نمونه سرمی hbsag مثبت انتخاب شد و پس از استخراج ژنوم gbv-cو ساخت cdna، از آغازگرهای اختصاصی برای تکثیر ناحیه 237 جفت بازی 5utr ویروس، با روش semi-nested-pcr استفاده شد. در ادامه با استفاده از نرم افزار neb cutter ناحیه اختصاصی مربوط به تمامی 6 ژنوتیپ موجود، در بانک اطلاعات ژنومی را بررسی کرده و مناسب ترین آنزیمها، برای واکنش هضم آنزیمی، که توانایی شناسایی تمامی ژنوتیپ های این ویروس را داشتند، انتخاب شد. در نهایت با دو عدد آنزیم محدود کننده، واکنش هضم آنزیمی روی محصولات مثبت مرحله دوم pcr، انجام گردید. نتیجه حاصل از این مطالعه نشان داد که از 12 نمونه ی دارای عفونت همزمان gbv-cو hbv، 11 مورد به ژنوتیپ 2 و تنها 1 مورد با ژنوتیپ 3 این ویروس، آلوده بودند.نتایج هضم محصول pcrبا آنزیمهای محدودکننده: پس از انجام واکنش هضم آنزیمی، نتایج حاصل از اولین مرحله ی واکنش و استفاده از اولین آنزیم، به گونه ای بود که نیاز به آنزیم ?? ava بطور خودبخودی برطرف شد. بنابراین در این پژوهش از 2 آنزیم ?? draو ?? ban استفاده گردید. محلهای برش آنزیمهای مذکور بروی محصولpcr ، با استفاده از برنامه ی نرم افزاری neb cutter و web cutterتعیین شدند. به این ترتیب مشخص شد که هر کدام از این آنزیمها چه توالی را می برند و در هر کدام از ژنوتیپ ها چند محل برش بر روی توالی ژن دارند. در نتیجه چه قطعاتی و با چه طولی حاصل می شود. افتراق بین باندهای حاصل در ژل، نشان دهنده ژنوتیپ های مورد مطالعه ی ما بودند. در جدول 3-8 طول قطعات حاصل و منطقه ی برش هر کدام از سه آنزیم انتخابی و برش و عدم برش توسط آنها را نشان می دهد. جدول3-8 . طول قطعات و منطقه برش هر کدام از آنزیمها genotype6(bp) genotype5(bp) genotype4(bp) genotype3(bp) genotype2(bp) genotype1(bp) resteriction endonuclase 35,102,100 no restriction site no restriction site 35,102,100 225,15 no restriction site dra ii no restriction site 68و101و68 35,33,169 ava ii no restriction site 106,102,29 ban ?? پس از انجام واکنش هضم آنزیمی بر روی تمامی 12 نمونه ی مثبت از نظر ژنوم gbv-c، وجود برش مناسب و تعیین ژنوتیپ های این ویروس، بر روی ژل آگاروز 2درصد با رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید ردیابی گردید. نتایج حاصل نشان دادند که از 12 نمونه مثبت ، 11عدد ژنوتیپ 2 و یک مورد ژنوتیپ 3 بودند. شکل 3- 8 نتایج حاصل از هضم با آنزیم dra?? بر روی ژل آگاروز 2 درصد را نشان می دهد. برای تعیین ژنوتیپ های این ویروس و جهت آسان تر شدن تحلیل نتایج حاصل از هضم آنزیمی بر روی ژل اگاروز، از نمودار3-1 استفاده شد. شکل 3- 8 . هضم با آنزیم dra?? بر روی ژل آگاروز 2 درصد شماره 1- مارکر وزنی100جفت بازی ، شماره های 2،3،4،6،7،8- قطعه 225 جفت بازی نشانگر ژنوتیپ 2، شماره 5- وجود قطعات 100 و102 جفت بازی نشانگر ژنوتیپ3 ، شماره 9 - کنترل منفی، شماره 10- حضور قطعه 237 جفت بازی (عدم برش با آنزیم) به عنوان کنترل مثبت نمودار3-1. مربوط به مراحل انتخاب آنزیمهای محدود کننده در ادامه بدلیل نزدیک بودن فاصله باندهای حاصل از برش با آنزیم ?? ban از الکتروفورز پلی اکریل آمید 12 درصد و رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید جهت نمایان سازی قطعات حاصل از برش استفاده کردیم. نتیجه حاصل در شکل 3-9 نشان دهنده تمایز مشخص باند، با استفاده از این نوع الکتروفورز حساس، می باشد. شکل3-9 هضم با آنزیم?? ban و dra?? برروی ژل پلی اکریل آمید 12درصد شماره5 باند 237 جفت بازی(بدون واکنش هضم آنزیمی)، شماره6کنترل منفی، شماره 7 برش با ban ii و ایجاد باندهای 106و135 نشانگر ژنوتیپ3، شماره1و2و 3و 4و 8و9 ، برش با draii و ایجاد باند 225 جفت بازی نشانگر ژنوتیپ2، شماره6 مارکر وزنی 50جفت بازی 3-7 استخراج از ژل: جهت تعیین توالی و برای جلوگیری از وجود هر نوع آلودگی احتمالی و همچنین داشتن نمونه هایی که فقط حاوی نوکلئوتیدهای منطقه ی مورد نظر (utr5) باشند، از کیت ساخت شرکت bioneer استفاده شد. برای این کار ابتدا برروی ژل آگاروز 2%، تمام محصول برای40دقیقه با ولتاژ90 الکتروفورز شد و پس از مشاهده باند ها، محل باند با تیغ جراحی از ژل جداگردید، بنحوی که کمترین میزان ژل همراه نمونه بریده شود و به محدوده باند آسیبی وارد نگردد. این کار با دقت و سرعت انجام گردید .قطعه ژل بریده شده به میکروتیوب 5/1 میلی لیتری منتقل و پس از توزین و محاسبه وزن ژل داخل میکروتیوب، بقیه مراحل طبق پروتکل شرکت سازنده کیت انجام شد. محلول خارج شده از ستون چرخان، حاوی محصول pcr خالص شده، بوده و برای تائید فرآیند استخراج، میزان 2 میکرولیتر از محلول فوق با شرایط قبلی روی ژل ران گردید. بهتر است قبل از ارسال نمونه ها برای تعیین توالی، جذب نوری یا غلظت آنها تعیین گردد و از وجود مقادیر مناسب dna در آن اطمینان حاصل شود. سپس بصورت تصادفی از دو ژنوتیپ شناسایی شده، تعدادی نمونه برای تعیین توالی و در غلظتهای بالا تر از 30 میکروگرم در میلی لیتر، همراه با 20 میکرولیتر از آغازگرهای مشترک خارجی، طبق درخواست شرکت، برای تعیین توالی ارسال گردید. 3-8 تعیین توالی مراحل تعیین توالی در آزمایشگاه ویژه تعیین توالی gottingen gmbh (seqlab) در کشور آلمان انجام گرفت. تعیین توالی با دستگاه خودکار dna 3700 abi prism r محصولی ازکشور آمریکا و بصورت دو طرفه انجام پذیرفت. توالی های ارسالی بعد از عمل تعیین توالی، باتوالی های ثبت شده در بانک ژنومی مربوط به هر ژنوتیپ، الاین شده و هر ژنوتیپی که با آنزیم برش داده شده بود، با توالی های ثبت شده برای آن ژنوتیپ متناسب بود و مکانهای برش آنزیمها در توالی ها شناسایی شد.

ویروس نقص ایمنی اکتسابی تیپ یک (hiv-1) عامل ایجاد کننده سندرم نقص ایمنی اکتسابی انسانی یا "ایدز" می باشد. انتقال ویروس از طریق خون در دوره کمون، در مراکز انتقال خون یک معضل جهانی محسوب می شود. علاوه بر این، نیاز مبرمی به طراحی و ایجاد روشی آسان، کم هزینه، دقیق، سریع و قابل دسترس برای افراد عادی جهت آزمون وجود و یا عدم وجود ذره ویروس hiv با ابعاد نانو (حدود120 نانومتر) در خون، احساس می شود. چون تشخیص به هنگام ویروسhiv-1 در نمونه های مشکوک، قبل از ظهور پادتن در فرد آلوده می تواند باعث جلوگیری از گسترش و شیوع روز افزون این بیماری مهلک شود. در حال حاضر کلیه روش های معمول و قابل اعتماد آزمون hiv بر پایه پادتن می باشد، شناسایی ذره ویروس hiv بر پایه خود ویروس hiv بسیار گران و وقت گیر می باشد. تشخیص بر پایه پادتن، زمانی رخ خواهد داد که بدن بر علیه ویروس اقدام به تولید پادتن نماید که این مستلزم گذشت زمان است. از زمان ورود ویروس hiv به بدن تا تولید پادتن علیه آن را دوره کمون نام دارد. در این دوره به علت عدم وجود سلاح مقابله ای بدن علیه ویروس hiv، ویروس دارای بیشترین میزان بار ویروسی و در نتیجه بیشترین میزان احتمال آلوده کردن می باشد. چنانچه فرد هیچ اطلاعی از قرارگیری خود در این دوره نداشته باشد، امکان آلوده کردن افراد دیگر نیز وجود خواهد داشت. برای دوره کمون در همه منابع اتفاق نظر نیست، اما زمانی بین دو هفته تا شش ماه پس از ورود ویروس در نظر گرفته می شود. همچنین برای نوزادان تازه متولد شده به علت وجود پادتن در جریان خون (که از خون مادر منتقل شده است)، تشخیص بر پایه پادتن ممکن نخواهد بود. همه موارد فوق ما را برآن داشت تا در این پروژه به طراحی و ایجاد روشی آسان، کم هزینه، سریع و قابل دسترس برای افراد عادی جهت تست وجود و یا عدم وجود ذره ویروس hiv با ابعاد نانو در محیط خون، بپردازیم. در یکی دو دهه اخیر نور و فتونیک در صنایع الکترونیک، خصوصا سنسورهای نوری با قابلیت عملکرد، کیفیت آشکار سازی و ضریب تفکیک بالا مورد توجه بیشتری قرار گرفته است. مشخصات خوب این نوع از سنسور ها ما را تشویق به استفاده از آن ها برای ردیابی ویروس hiv کرده است. ایده اولیه در این پروژه استفاده از یو- وی دتکتور از طریق شناسایی تفاوت طیف جذبی خون سالم و آلوده به ویروس، برای ردیابی ویروس در خون بدون استفاده از هرگونه گیرنده ای بود، اما با وجود تمام تلاش ها و بررسی های موشکافانه این روش با شکست مواجه شد. بعد از شکست روش طیف جذبی، استفاده از طرح شناسایی توالی ژنوم ویروس hiv با استفاده از میکرو کانتی لور مورد بررسی قرار گرفته است. پروسه تشخیص ژنوم ویروس، بر پایه ی هیبریدایزیشن توالی گیرنده متصل روی سطح کانتی لور با توالی هدف است که موجب افزایش جرم موثر روی سطح کانتی لور و کاهش فرکانس رزونانس آن می شود. در طی پروسه تشخیص استفاده از نانو پارتیکل طلا- نقره متصل به توالی پروب موجب بالا بردن جرم موثر روی سطح کانتی لور شده، که در نتیجه قدرت تشخیص و حساسیت سنسور را بالا خواهد برد. میکرو کانتی لور طراحی شده دارای فاکتور کیفیت بالائی می باشد که در هوا و رطوبت مناسب در حال ارتعاش است.

در این پژوهش 100 نمونه بیمار در دو گروه تحت درمان (70 نمونه) و گروهی که دارو مصرف نمی کنند (30نمونه) جهت تعیین آنالیز فیلوژنتیک، مقاومت دارویی و بررسی کارایی تغییر رژیم دارویی که بر اساس نوع مقاومت ها و علائم کلینیکی تجویز می شود، مورد استفاده قرار گرفت. ابتدا با راه اندازی و بکار گیری روش rt nested pcr که حساسیت خیلی بالایی دارد و توالی یابی دو طرفه دو ناحیه ژنی rt و پروتئاز، مقاومت های دارویی تشخیص داده شد و سپس ارتباط آنها در پاسخ به نوع درمان موجود بررسی شد. همزمان، با استفاده از real time pcr بار ویروسی تعیین شد و همچنین با استفاده از فلوسایتومتری تعداد سلول های tcd4 نیز تعیین شد. بعد از این مرحله رژیم دارویی تغییر و رژیم جدید به مدت 4 تا 6 ماه مورد استفاده بیماران قرار گرفت. سپس دوباره از بیماران نمونه گیری شد و بار ویروسی و تعداد سلول های tcd4 آنها تعیین شد. در نهایت آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که تحت گونه ها و فرم های نوترکیب crf 35-ad، b، crf 28-bf، crf 29-bf، crf 42-bf، crf 44-bf و c در بیماران تحت مطالعه وجود دارد. نتایج مقاومت دارویی نشان می دهد که درگروه تحت درمان، 36 نفر (58%) مقاومت دارویی به مهار کننده های پروتئاز و آنزیم rt دارند. میزان مقاومت دارویی به داروهای nrtis، 6/51%، میزان مقاومت دارویی به داروهای nnrtis 7/61% و میزان مقاومت دارویی به داروهای pis 40% می باشد. با این وجود، تعیین مقاومت ها و تغییر رژیم دارویی در این مطالعه نشان داد که بار ویروسی و تعداد سلول های tcd4 به طور معنی داری به ترتیب کاهش و افزایش پیدا کرد. علاوه بر این تاثیر زیادی در روند درمان و هچنین مدیریت تجویز نوع دارو برای جلوگیری از واکنش متقاطع و انتخاب بهترین رژیم، جلوگیری از انتقال سویه های مقاوم و کاهش هزینه ها دارد.

مقدمه: یکی از حوزه های مهم در اپی ژنتیک متیلاسیون dna است که برروی دی نوکلئوتید cpg در ژنوم رخ داده وموجب کنترل رونویسی وبیان ژن مورد نظر می شود. در ژنوم ویروس هپاتیت b سه جزیره غنی از دی نوکلئوتید cpg وجود دارد که تمایل شدیدی به متیله شدن نشان داده اند. هدف از این مطالعه تعیین الگوی متیلاسیون ژن x ویروس هپاتیت b در بیماران مبتلا به این ویروس است. مواد وروش ها: جمعیت هدف بررسی در این مطالعه 45بیمار مبتلا به ویروس هپاتیت ب بود که براساس حضور یا عدم حضور آنتی ژن e به دوگروه (24نمونه hbeagpositive و 21 نمونهhbeagnegative) تقسیم شدند. dna ژنومی ویروس از نمونه های سرمی افراد مبتلا استخراج و جهتتعیین میزان متیلاسیون با بی سولفیت سدیم تیمارشدند. سپس با دوگروه پرایمر متیله وغیرمتیله توسط روش msp مورد آنالیز قرار گرفتند. نتایج: میزان متیلاسیون در نمونه های سرمیمبتلا به ویروس به طور کلی 8/38درصد بدست آمد و این نرخ در بیماران hbeagpositive8/20درصد و در مبتلایان hbeagnegative بود به این ترتیب میزان متیلاسیون در نمونه سرمی افراد مبتلابه هپاتیت bمزمنhbeagnegative به طور معناداری بیشتر ازمیزان متیلاسیون dna ویروس در افراد مبتلاhbeagpositive می باشد،که صحت آن p=0.02تایید گردید. بحث: متیلاسیون ژنوم هپاتیت b می تواند به عنوان یک مکانیسم جدید برای کنترل پیشرفت عفونت ویروسی و همچنین ایجاد مراحل بالینی مختلف در بیماران مبتلا در نظر گرفته شود.بنابراین بدست آوردن الگوی های مختلف متیلاسیون dna از اهمیت ویژه ای برخوردار است در این مطالعه میزان متیلاسیون در بیماران hbeagnegative به طور معناداری بالاتر از افرادhbeagpositive تعیین شد.(p=0.02) کلید واژه: هپاتیت ب، متیلاسیون dna

آثار هنری حلقه واسط میان تخیل و واقعیت عینی هستند. کانت فیلسوف یونانی کوشیدکه این واسط بودن هنر را توضیح دهد، و در عصر حاضر فردریک جیمسون آمریکایی تبار منتقد ادبی و تئوریسین سیاست مارکسیسم نیز معتقد بود که فقط هنر می تواند گسستی را که در جوامع پسامدرن بوجود آمده است به کلیتی منسجم تبدیل کند. (استیونسن، 223:1383) مارکس نیز منشا تمام چیزهایی که ما در زندگی انسانی مشاهده می کنیم، از فقر و ثروت گرفته تا مذهب و هنر، سیاست و حتی ورزش را از مناسبات اقتصادی میان مردم می داند و استدلال می کند که این ادعا نوعی سرپوش نهادن بر واقعیت است. با اعتقاد به اینکه هنرمندان انسان هایی واقعی اند که در مناسبات اقتصادی با دیگر انسان ها زندگی می کنند، تمام هنرها از دل واقعیت های اقتصادی سرچشمه می گیرند. (رابرتس،136: 26) بعضی هنرها سعی در پنهان کردن این واقعیت، جهانی تخیلی را می آفرینند و هنرهایی هم هستند که مردم را از واقعیت جامعه آگاه می کنند. فردریک جیمسون با تقسیم بندی منطق های فرهنگی در سه دوره سرمایه داری، نشان داده است که نشانه شناختی واقعیت در دوره های مختلف تاریخ هنر با تغییرات واقعیت های اقتصادی دوره های سرمایه داری، دارای دگرگونی های اساسی بوده است؛ شبیه سازی واقعیت در منطق فرهنگی سرمایه داری کلاسیک بر مبنای تقلید و تکرار، مشابه خط تولید کالا در بازار رقابت آزاد تا قبل از قرن بیستم میلادی بود، اما بازنمایی واقعیت در سرمایه داری انحصاری و با منطق فرهنگی مدرنیسم در هنرها، کاملاً به نظرگاه هنرمند وابسته بود و از تقلید واقعیت عینی و مشابه سازی آن فاصله گرفت. در دوره ی سرمایه داری متأخر (شرکت های مشارکتی)، گونه ی تازه-ای از بازتولید واقعیت شکل گرفت که محصولش نه واقعیت عینی در واقع گرایی و نه واقعیت ذهنی در بازنمایی مدرنیستی، بلکه واقعیتی وابسته به دنیای اثر هنری است. از نظر جیمسون ، این چرخش فرهنگی از مدرنیسم به پست مدرنیسم، بیانگر نابودیِ سوژه ی فردی و پیامدهای آن یعنی فقدانِ فزاینده ی سبک فردی است. در حالی که هنر و ادبیات مدرنیستی، ارزش فردیت و صدای «اول شخص» را در تضاد و مواجهه با جهان بیرونِ صنعتی شدن، پیشرفت علمی و تکنولوژیک و عقلانی شدن ارج می نهاد؛ فرهنگ پسا مدرن از نقطه نظر جیمسون، امکان این که هنوز سبک فردی بتواند در دوره ی سرمایه داری متأخر وجود داشته باشد را رد می کند. (جیمسون، 11:1379) از نظریات اقتصاد سیاسی نشانه شناختی فردریک جیمسون، می توان چنین استنباط کرد که شیوه ی بیانی نشانه های تصویری در بازتولید واقعیت "سینمای هایبرید " در دوره های مختلف سرمایه داری (کلاسیک، انحصارات، مشارکتی) با دگرگونی مفهوم واقعیت از شمایلی به نمایه ای و بالاخره نمادین همراه بوده است. به اضافه این که ژان بودریار ، از نشانه دیگری نام می برد که ارجاعی به جز خودش ندارد و گرچه به واقعیت عینی بسیار شباهت دارد اما در عالم عینی وجود ندارد و صرفاٌ وابسته به جهان رسانه ای است و او این واقعیت را حاد واقع می خواند. (پاستر، 1988 :171). بودریار این گونه شبیه سازی را وانمایی می نامید. حاد واقعیت در فرهنگ تصویری معاصر سینما توسط جلوه های ویژه و تدوین رایانه ای، مرز واقعیت و خیال را کم رنگ ساخته است. ژان بودریار در توصیف نشانه هایی که واقعی تر از واقعیت به نظر می رسند، به عنوان زیاده روی در "تاثیر واقعیت" بازتولید واقعیت مجازی را تعریف می کند. شاید بتوان حاد واقعیت را به این گونه مجدداً تعریف کرد؛ نسخه ای است که آن قدر به اصل خود شبیه است که اصل دیگر اهمیتی ندارد و یا اهمیت خود را از دست می دهد. نگرانی بودریار از حاد واقعیت بدان خاطر بود که جهانی فاقد منشأیی حقیقی از همین ویژگی سرچشمه می گیرد که به نظر او «دیگر حتی امر واقعی را به عنوان یک طرف معادله نداریم و امکان تبدیل آن به سبکی غالب، جهت تجربه و درک جهان از همه سو توسط رسانه ها ما را احاطه کرده است.»(بودریار،1381 :23-10) به نظر می رسد که جیمسون و بودریار مشترکات محوری بسیاری دارند؛ نظیر ناپدید شدن واقعیت، شاکله ی زبان شناختیِ سوژه، اهمیت فرهنگ مصرفی، و زوال عمق. آن ها همچنین استدلال های مشابهی در خصوص دوره بندی تاریخی فرهنگ و اشکال متمایز مکان و فضا ارائه می کنند. تفاوت اصلی بین این دو، در برداشت آن ها از مفهوم اقتصاد سیاسی نهفته است. درحالی که جیمسون بر این ایده تأکید دارد که مناسبات اقتصادی اهمیت روزافزونی در سازماندهی و نظارت بر تولید فرهنگی یافته اند، بودریار این سازماندهی و نظارت را ناشی از رمزگان مسلط می داند. (استیونسن، 6:1383-225) حاد واقعیت بر اساس ویژگی های «واقعیت بازتولید شده ی غیرمادی» تحول پیدا کرده و شناخت این ویژگی ها از طریق عملکردشان در حیطه هنر رسانه ای به خصوص سینما، هنرمندان را در جهت استفاده صحیح از این نشانه ها راهنمایی خواهد کرد. سینما در بین هنرها به عنوان رسانه ای همگانی شناخته شده است. با بررسی تحول نشانه های تصویری بازتولید واقعیت در دوره-های رشد و توسعه سرمایه داری، می توان با شیوه های بیان سینمای هایبرید به هر چه واقعی تر نشان دادن تخیل و گسست موجود در جوامع انسجام بخشید.

چکیده: عفونت با هپاتیت c یکی از مهمترین عوامل بیماریهای کبدی است و بیش از 170 میلیون نفر در سراسر دنیا به این ویروس آلوده اند. بعد از مراحل تحت بالینی بیماری بیش از 80 درصد افراد مبتلا به هپاتیت c به عفونت دائم هپاتیت مبتلا می شوند که همراه با بیماریهای مزمن کبدی است که پیامد آن سیروز و سرطان کبد است. مطالعات سعی نموده اند تا یک مارکر اختصاصی تر و قابل اطمینان تر در جهت کامل نمودن میزان alt و ast کبدی شناسایی کنند ولی پیشرفت ها بسیارکند بوده و تا به حال مارکری شناسایی نشده است که جایگزین alt و ast کبدی گردد. microrna ها مارکر جدیدی هستند که در جهت ارزیابی کبد آلوده به هپاتیتc نمایان گشته اند. micrornaها یک کلاس از rna های غیر کد کننده هستند که بیان ژن را در سطح بعد رونویسی از طریق تخریب و یا ممانعت از ترجمه mrnaای هدف انجام می دهند. همچنین مشاهده شده است که microrna ها در خون در حال گردش هستند همین امر باعث شده است تا به علت در دسترس بودن آسان, مارکر قدتمندی در جهت ارزیابی بیماریهای مختلف باشند. کبد حاوی میزان بالایی از mir-122 است در حالی که سایر بافت های بدن تنها میزان کمی از این microrna را دارند. در این پایان نامه سطح سرمی mir-122 مورد بررسی قرار گرفت و بیان سطح mir-122 در سرم با سطح alt و ast مورد ارزیابی قرار گرفت. با استفاده از نرم افزار spss18 نتایج مورد ارزیابی قرار گرفتند. ضریب همبستگی پیرسون درجه همبستگی بین alt و mir-122 ,) ,( .629 و ast با mir-122 ,( .560) بدست آمد که حکایت از یک ارتباط خطی مسقیم بین ast, alt و mir-122 می باشد. کلمات کلیدی: microrna , ویروس هپاتیت c, ضریب همبستگی پیرسون

در این مطالعه هدف ما طراحی یک سنجش سریع به منظور غربالگری سریع و آسان نمونه¬های سرمی از نظر ابتلاء به هپاتیت b و htlv-i بود. برای این منظور سه آنتی ژن تشخیصی hbc، gp46 و p19 انتخاب گردید. آنتی ژن های انتخاب شده با استفاده از روش های مختلف فیزیکوشیمیایی نقشه¬برداری اپی توپی شدند. قطعات انتخاب شده با لینکرهای اسیدآمینه¬ای (توالی: gsggsg) به هم متصل شده و پروتئین کایمر نوترکیب تشخیصی طراحی گردید. ساختار دوم، سوم، پایداری، نیمه عمر، عملکرد و سایر خصوصیات مربوط به پروتئین طراحی شده محاسبه گردید. ژن مربوط به منظور بیان پروتئین طراحی شده، بهینه سازی شده و بعد از سنتز شیمیایی به درون سلول های مستعدسازی شده bl21 (de3) e.coli وارد شد. نتایج حاصل از sds-page و وسترن بلاتینگ نشان داد که پروتئین مورد نظر به خوبی در سلول های e.coli بیان شده است. پروتئین بیان شده با استفاده از روش های کروماتوگرافی میل ترکیبی و ژل فیلتراسیون در شرایط طبیعی و دناتوره کننده تخلیص گردید. بررسی¬های صورت گرفته با elisa نشان داد که آنتی ژن طراحی شده به صورت وابسته به غلظت با آنتی بادی های موجود در سرم افراد مبتلاء به hbv و یا htlv-i واکنش می دهد. سپس آنتی ژن مورد نظر بر روی کاغذهای نیتروسلولز فیکس شده و سنجش سریع با استفاده از آنتی بادی های anti-human igg نشان¬دار شده با نانوذرات طلاء طراحی گردید. انجام سنجش سریع بر روی 50 نمونه بیمار مبتلاء به hbv، 50 نمونه بیمار مبتلاء به htlv-i و 50 نمونه سالم که نسبت به آنتی بادی های hbv و htlv-i منفی بودند نشان داد که همه نمونه¬های بیماران مبتلاء به htlv-i با این آنتی ژن قابل شناسایی هستند اما 6 نمونه مبتلاء به hbv با روش¬سنجش سریع طراحی شده قابل شناسایی نبودند. براساس نتایج سنجش سریع حساسیت این آنتی ژن برای htlv-i برابر با 100? و برای hbv برابر با 82? و و اختصاصیت سنجش برای تشخیص این ویروس برابر با 86? بود. نتایج حاصل از این بررسی نشان ¬داد که آنتی ژن طراحی شده با ابزارهای کامپیوتری به صورت اختصاصی با آنتی بادی های موجود در خون بیماران واکنش می دهد. لیکن حساسیت پائین مهمترین محدودیت در پیشگویی اپی توپ ها با نرم¬افزارهای کامپیوتری است.

مقدمه: پاپیلوما ویروس ها ویروس های کوچکی هستند،که در هسته سلولهای اپی تلیال سنگفرشی تکثیر می یابند. پاپیلوماویروس ها طیف گسترده ای از بیماری را ایجاد می کنند. از جمله بیماری هایی که توسط این ویروس ها ایجاد می شود عبارتند از عفونت های پوستی و عفونت های حفره دهانی و عفونت های مجاری تنفسی و غیره را ایجاد می کنند. سرطان دهان یک مشکل بهداشتی جهان و بیماری شایع درحال افزایش می باشد. این بیماری خیلی نگران کننده است و شیوع سرطان دهان روز به روز در حال افزایش می باشد. تشخیص به موقع سرطان دهان باعث پیشگیری از این بیماری می شود.هدف: شناسایی و ردیابی ویروس پاپیلوما در افراد مبتلا به سرطان سلولهای مخاطی حفره دهان مواد و روشها: در این پژوهش از 50 نفر فرد بیمار و 10 نفر فرد سالم به عنوان شاهد نمونه گیری انجام شد بعد استخراج dna نمونه ها با روش دستی فنل-کلروفرم، سپس پرایمرهای برای تکثیر e6 یا e7 با روش oligo 7 وalleleid 6 و mega 4 طراحی نمودیم. سپس پرایمرهای مورد نظر با کنترل مثبت با روش pcr set up نمودیم. در مرحله بعد برای تعیین حساسیت روش pcr، قطعات تکثیر شده مربوط به تیپ های پاپیلوماویروس های 16،18،11و6 را درون t/a وکتورکلون کرده و سپس درون باکتریtop10 ترانسفورم نمودیم و پس از انجام کلنی pcr و تایید حضور قطعه مورد نظر در کلنی اقدام به تخلیص پلاسمید با استفاده از کیت mini prep نمودیم. پس از محاسبه مقدار غلظت پلاسمید اقدام به تهیه serial dilution از وکتور های مورد نظر کردیم ،تا آخرین رقتی که انجام pcr بر روی آن همراه با مشاهده باند بر روی ژل می شد به عنوان آستانه یا حساسیت تست در نظر گرفته شد سپس تمام نمونه های بیماران با pcr از لحاظ وجود پاپیلوما ویروسهای 16،18،11 و6 به صورت جداگانه مورد آزمایش قرار گرفت. سپس با روش real time pcr تیتر ویروسی 50 نمونه را بدست آوردیم. نتایج: از مجموع 50 بیمار که سرطان دهان داشتند در این پژوهش از لحاظ وجود پاپیلوما ویروسهای 16،18،11 و6 مورد ارزیابی قرار گرفتند که از این 50 نفر 8نفر hpv11 مثبت و 10 نفر hpv18 مثبت بودند. تمام 10 نفر گروه کنترل از نظر hpv منفی بودند. نتیجه گیری: در این مطالعه حضور dna پاپیلوما ویروسهای 16،18،11 و 6 در بافت های سرطان دهان با روش real-time pcr مورد شناسایی قرار گرفت. و ارتباط احتمالی عفونت ویروس پاپیلومای انسانی در بروز و تکامل بدخیمی های دهان مورد تایید قرار گرفت. واژگان کلیدی:پاپیلوما ویروس ها ، سرطان دهان ،real-time pcr

عفونت کبد به ویروس هپاتیت c در اکثریت موارد مزمن می شود و در مراحل بعد، طی یک فرآیند پیشرونده ای در نهایت منجر به تخریب کبد می گردد. فیبروز کبدی به معنای تجمع بیش از حد ماتریکس خارج سلولی در بافت کبد است که به منظور ترمیم آسیب های وارد شده بر سلول های کبدی می باشد. ویروس هپاتیت c با شیوع 170 میلیونی در سراسر دنیا ، شایع ترین و مهمترین علت فیبروز کبدی بشمار می رود. خاصیت فیبروژنیک hcv به پروتئین هایش و به خصوص پروتئین مرکزی آن نسبت داده شده است. برای بررسی تاثیر پروتئین مرکزی ویروس هپاتیت c در فرآیند فیبروز، از رده سلولی lx2 استفاده شده است. برای ارزیابی این مهم از اختصاصی ترین مارکر در سلولی که فعال شده است یعنی ?-sma (اکتین های عضله صاف – آلفا) استفاده کردیم. micrornas به عنوان تنظیم کننده های بیان ژن در سلول مطرح هستند که از طریق مهار ترجمه بطور مستقیم یا از طریق تخریب mrna اعمال اثر می کنند و البته می توانند با اثر بر روی پروموتر ژنها بعنوان فعال کننده رونویسی نیز عمل کنند. در این پژوهش از طرفی دیگر، تاثیر پروتئین core بر روی میزان بیان mir-221 نیز اندازه گیری گردید تا ارتباط آن با فیبروز و بیومارکر پیش سرطانی مشخص گردد. طبق نتایج بدست آمده، پروتئین core ویروس هپاتیت c دارای اثر القا کنندگی فیبروتیک بر رده سلولی lx-2 می باشد و باعث افزایش معنی دار بیان ژن ?-sma می شود (p<0.05). از طرف دیگر نتایجی که در این پژوهش در مورد بیان mir-221 بدست آمده است، نشانگر عدم تغییر معنی دار نسبت به نمونه کنترل می باشد.

فیبرز کبد یکی از پیامدهای بالینی آسیب مزمن کبد در اثر عواملی از قبیل عفونت مزمن با ویروس های هپاتیت، الکلیسم و دیگر عوامل به سلول های کبدی است که می تواند به عوارض پیچیده تری مانند سیروزکبد، ناکارایی سلولهای کبدی، سرطان کبد و نهایتا مرگ بیانجامد. فعال شدن سلول های ستارهای کبد(hscs) نقش بسیار حیاتی در شکل گیری فیبرز کبد ایفا می کند. tgf-?1 به عنوان فاکتور اصلی تحریک کننده مسئول برای فعالسازی hscs محسوب می شود. مشخص شده است که micrornas (mirnas) می توانند باعث تنظیم تکثیر، تمایز و فعالسازی در سلول ها شوند. ولی در هرصورت نقش mirnas در فعاسازی و فیبروژنز hscs در اثر tgf-?1 تا حد زیادی ناشناخته باقی مانده است. پروتئین های ویروس هپاتیت سی(hcv) نقش مهمی را در بیماری های مزمن کبد نشان می دهد. اختلال در بیان ژن های سلولی و mirnas ناشی از پروتئین های hcv به دلیل تغییر در مسیرهای سیگنالینگ سلولی مانند tgf-?1- سیگنالینگ، تمایز و آپوپتوز با فیبروز کبد در ارتباط بوده است. در مطالعه حاضر، ما تاثیر smad4 shrna را بر روی فعالیت فیبروژنز hscs از طریق اندازه گیری سطح بیان ژن های فیبروتیک : timp1, col1a, ?-sma,tgf-?1 و پروفایل پنج mirnas انتخابی شامل : mir-335, mir-150, mir-194, mir-199a و mir-27a موثر در مهاجرت و فعالسازی hscs را بررسی نمودیم. علاوه براین اثر پروتئین hcv ns3 بر روی فعالیت فیبروژنز hscs و پروفایل mirnas انتخاب شده در این مطالعه نیز بررسی شد. نتایج ما نشان داد که smad4 shrna باعث کاهش بیان ژن smad4و ژن های فیبروتیک شده است p<0.001، همچنین باعث افزایش بیان mir-335, mir-150 و کاهش بیان mir-27a شده است. در این مطالعه مشاهده گردید، که پروتئین hcv ns3 دارای اثر فیبروتیک می باشد p<0.01، و باعث افزایش بیان mir-199a و کاهش بیان mir-335 و mir-194می شود.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

ویروس هرپس انسانی تیپ یک (hhv-1) از اعضای زیر خانواده آلفا هرپس ویرینه و خانواده هرپس ویریده می باشد. این ویروس قادر به ایجاد عفونت در انسان می باشد. ویروس hhv-1 در همه نقاط دنیا وجود دارد و انتقال آن از طریق تماس مستقیم با ترشحات عفونی صورت می گیرد. ضایعات ایجادی توسط این ویروس به شدت عفونت زا هستند و فرد آلوده خود می تواند عفونت را به نقاط دیگر بدن خود انتقال دهد. انتقال ممکن است اطفال در زمان تولد در کانال زایمان در معرض ویروس قرار گرفته و عفونت به آنها انتقال یابد. عفونتهای اولیه دارای طیف وسیعی، از عفونتهای بدون علامت تا عفوونتهای کشنده می باشند، اما در اغلب موارد، عفونت خفیف و خود به خود بهبودی می یابند. عفونتهای هرپسی دارای اهمیت ویژه ای در بیماران با نقص سیستم ایمنی می باشد و در آنها ایجاد عفونتهای مزمن و یا شدید می کند. میزان شیوع این عفونتها در جوامع مختلف ریشه در وضعیت اقتصادی و اجتماعی جامعه مورد مطالعه دارد. در این پژوهش ، از روش الیزا برای اندازه گیری igm بر ضد hhv-1 در عفونتهای اولیه استفاده شد. در مرحله اول، بخش ثابت (fc) ملکول igm انسانی در مراحل مختلف تهیه و خالص سازی شد و سپس آنتی سرم آن در خرگوش تهیه گشت . پس از خالص سازی، آنتی سرم با آنزیم پراکسیداز کونژوگه شد. همچنین hhv-1 در ردههای سلولی وروکشت و خالص سازی شد و به عنوان آنتی ژن در تست الیزا به کار گرفته شد. برای تهیه آنتی سرم خرگوش بر ضد hhv-1 ابتدا ویروس بر روی رده سلولی هلاکشت داده شد و آنتی سرم آن در خرگوش تهیه شد. به وسیله این محصولات روش capture elisa طراحی شد و بیش از 400 نمونه سرمی مورد ارزیابی قرار گرفت .