در این تحقیق به منظور بررسی ساختار ژنتیکی ماهی سنگسر معمولی از نشانگرهای مولکولی aflp استفاده گردید. 6 ترکیب پرایمر ecori/msei، در مجموع 410 باند قابل امتیازدهی ایجاد کردند که 88 عدد از آنها پلی مورف بودند. درصد لوکوس های پلی مورف در ایستگاه آبادان (64/88) در مقایسه با ایستگاه های بوشهر (23/85) و بندرعباس (18/68) بیشتر بوده و میانگین پلی مورفیسم 68/80 محاسبه گردید. هتروزیگوسیتی در ایستگاه آبادان، بوشهر و بندرعباس به ترتیب 330/0، 291/0 و 222/0 محاسبه شد که بیانگر وجود تنوع ژنتیکی بیشتر در ایستگاه آبادان نسبت به سایر ایستگاه هاست. بیشترین و کمترین فاصله ژنتیکی بر مبنای معیار nei، به ترتیب میان ایستگاه های آبادان و بندرعباس (112/0) و آبادان با بوشهر (042/0) مشاهده شد که با فاصله جغرافیایی میان آنها کاملاً هماهنگی دارد. شاخص تمایز ژنتیکی (fst) بین ایستگاه آبادان و بندر عباس، آبادان و بوشهر و بین بندر عباس و بوشهر به ترتیب 24/0، 082/0 و 108/0 محاسبه شد. میزان تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها 14 درصد و درون جمعیت ها 86 درصد محاسبه شد. این پژوهش نشان داد که در خلیج فارس دو جمعیت متفاوت از سنگسر معمولی وجود دارد و تفاوت موجود را می توان به عوامل محیطی و اکولوژیک نسبت داد.