زیره سبز گیاهی است بومی مدیترانه، جزء تیره چتریان که در زمان باستان توسط مردم کشورهای مصر و هند کشت گردیده است. تنوع مبنای همه گزینش ها در اصلاح نباتات است. انتخاب ژنوتیپی نیز نیازمند تنوع می باشد و با بالا رفتن تنوع ژنتیکی در یک جامعه حدود انتخاب وسیع تر می شود. در مطالعه حاضر تنوع ژنتیکی برخی توده های جمع آوری شده زیره سبز از نظر صفات مختلف زراعی و نشانگرهای مولکولی rapd و issr مورد بررسی قرار گرفت. قسمت مزرعه ای این آزمایش در زمینی واقع در 10کیلومتری غرب کرمانشاه و قسمت آزمایشگاهی آن در آزمایشگاه بیوتکنولوژی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرمانشاه انجام شد. نتایج حاصل از تجزیه واریانس و مقایسه میانگین ها اختلافات بین اکوتیپ ها را آشکار کرد به طوری که از لحاظ تمامی صفات در میان توده ها اختلاف معنی داری مشاهده شد. تجزیه همبستگی بین صفات مختلف نشان داد که ارتفاع گیاه با صفات تعداد چتر در گیاه (545/0)، تعداد چترک در چتر (344/0) و وزن هزار دانه (555/0) همبستگی مثبت و معنی داری وجود دارد. نتایج بدست آمده از تجزیه خوشه ای بر اساس صفات زراعی نیز توده های مورد بررسی را در 3 گروه مجزا قرار داد. در بخش مولکولی آزمایش از 22 نشانگر issr (18 آغازگر به صورت انفرادی و 4 جفت آغازگر نیز به صورت ترکیبی) و 13 نشانگر rapd جهت بررسی میزان چندشکلی در سطح ژنوم استفاده شد. در مجموع در مورد نشانگر issr درصد چندشکلی کل برابر با 32/67% و این مقدار برای نشانگر rapd برابر با 26/55% بود. تجزیه خوشه ای بر اساس نشانگر های rapd و issrبه ترتیب توده ها را در 7 و 6 گروه مجزا قرار داد. شبیه ترین توده ها بر اساس ضریب تشابه جاکارد در مورد نشانگرهای rapd و issrبه ترتیب برابر با 946/0 (بین توده های مشهد و گرگان) و 921/0 (بین توده های بوشهر و گناباد) بود. آزمون همبستگی مانتل بین ماتریس های تشابه نشانگرهای مولکولی و همچنین این نشانگرها با صفات زراعی به غیر از نشانگر rapd با صفات زراعی همبستگی معنی داری را نشان داد.