امروزه، تعداد کانسارهایی که شناخت آنها به واسطه ی رخنمون کانی سازی شده مستقیماً امکان پذیر باشد رو به کاهش می باشد؛ در نتیجه عرصه ی اکتشاف معدن بیشتر روی نواحی ای متمرکز شده است که کانی سازی پنهان احتمالی، توسط روباره ی ضخیم پوشیده شده است. در این نواحی تکنیکهایی می توانند موفق باشند که فهم درستی از فرآیندهایی که منجر به پراکندگی و تمرکز عناصر کمیاب در خاکهای سطحی می شوند، داشته باشند. خاک های رویی کانسار، عمدتاً سرشار از عناصری است که به عنوان ریز مغذی برای میکروب ها مصرف می شود. لذا میکروب ها با استفاده از این عناصر، قادر به رشد و نمو بوده و اثرهای بیولوژیکی ویژه ای را روی خاک می گذارند. این فرآیندهای میکروبی منجر به تشکیل هاله های میکروبی و نوعی غنی شدگی ثانویه در خاک رویی کانسار می گردد. ژئومیکروبیولوژی اکتشافی، با تعیین فرآیندهای بیوژئوشیمیایی و شناخت ساختار جوامع میکروبی خاک رویی کانسار و دیگر فرآیندهای ژئومیکروبیولوژیکال، مفاهیمی همچون تمرکز، پراکندگی، مهاجرت و حمل و نقل عناصر فلزی مانند , zn, au, cu, co, mo, fe ... را تشریح کرده و با ابزارهای ملکولی و تکنیکهای سنتی کشت آزمایشگاهی، سعی در تبیین فرآیندهای ژئوشیمیایی و زمین شناسی مرتبط با این عناصر دارد. ژئومیکروبیولوژیکی اکتشافی شامل روشهای مستقل از کشت آزمایشگاهی میکروبها و تکنیکهای وابسته به کشت آزمایشگاهی میکروبها می باشد. در این پروژه، از 4 معدن مس سونگون، جارو، دره زرشک و علی آباد نمونه برداری ژئومیکروبیولوژیکال صورت گرفت و روی نمونه ها تستهای میکروبی شامل روشهای آزمایشگاهی و روشهای ملکولی صورت گرفت. به بیان ساده، در طرح حاضر، با انتخاب محیط کشت انتخابی مس دار و تزریق آنتی بیوتیک به محیط کشت، تفاوتهای بین نواحی کانساری و غیر کانساری مشخص شدند و در نتیجه با بررسی های بیوانفورماتیک، طراحی پرایمر و بهینه-سازی pcr، باکتری مقاوم به مس و بیومعرف احتمالی ذخایر مس، شناسایی و معرفی شد.