صفات مختلفی در کیفیت و بازارپسندی برنج موثرند که مهمترین آنها شامل عطر و طعم(fgr) ، درصد آمیلوز(ac) ، قوام ژل (gc)، دمای ژلاتینه شدن (gt) و شکل دانه می باشند. در این تحقیق برای ترمیم صفات کمی و کیفی رقم جدید برنج بنام قائم، از دو رقم محلی شصتک و دمسیاه و دو رقم اصلاح شده فجر و نعمت استفاده گردید. کلیه تلاقی های ممکن یکطرفه بین رقم قائم بعنوان پایه مادری و بقیه ارقام بعنوان پایه پدری انجام گرفت. سپس کلیه تلاقی های مرکب بین رقم قائم (به عنوان والد مادری) با سایر واریته ها (به عنوان والد گرده افشان) انجام و پس از کشت آنها(جوامع)، انتخاب تیپ های برتر بر اساس صفات فنوتیپی شامل تاریخ گلدهی، ارتفاع گیاه، طول خوشه و غیره، صورت گرفت. پس از آن با استفاده از نشانگرهای مولکولی پیوسته با ژن های هدف و دارای چندشکلی در والدین، اقدام به مطالعه تفکیک و ترکیب ژن های موثر موردنظر گردید. در سال اول دو بوته دارای ژن عطر و طول دانه هموزیگوس و دو بوته در کنار هموزیگوس بودن ژن عطر از نظر صفات طول دانه و کیفیت پخت هتروزیگوس بوده اند. برآیند تلاقی های مرکب در سال دوم که به منظور افزایش جمعیت مورد بررسی و هموزیگوسیتی انجام شد، سه بوته دارای ژن عطر و طول دانه هموزیگوس و هتروزیگوس در مکان ژنی آمیلوز، قوام ژل و دمای ژلاتینه شدن بوده همچنین پنج بوته نیز از نظر عطر و طول دانه هموزیگوس مغلوب بوده اما فاقد باند مربوط به کیفیت پخت و خوراک بوده اند. علاوه بر بوته هایی که دارای بیشترین طول خوشه، تعداد دانه پر در خوشه و طول دانه می باشد و از نظر ژن عطر هتروزیگوس اند، تلاش ها به سمت خلوص این ژنوتیپ ها با چند نسل خودگشنی و انتخاب متمرکز شد. بدین ترتیب با ترکیب mas و روش های کلاسیک می توان در وقت و هزینه صرفه جویی نمود و با چند نسل خودگشنی پی در پی در آینده ایی نزدیک می توان به ارقامی جدید با صفات زراعی مطلوب در ایران دست یافت.