بلایت باکتریایی از مهمترین بیماری های گردو در سراسر جهان محسوب می شود. این بیماری از مناطق مختلف کشور و منجمله استان زنجان گزارش شده است. باکتری عامل بیماری xanthomonas arboricola pv. juglandis( x.a.j) داخل جوانه ها و سایر قسمت های هوایی گیاه حتی بدون آنکه علائمی از بیماری ایجاد نماید به سر می برد و به راحتی از طریق اندامهای گیاهی منتقل می گردد. در حال حاضر شناسایی گیاه آلوده به بیماری و نیز باکتری عامل آن به روش های سنتی جداسازی باکتری از بافت گیاهی و انجام آزمون های بیوشیمیایی لازم انجام می شود که وقت گیر و غیر قابل اعتماد می باشد. در این بررسی برای اولین بار طراحی روشی مبتنی بر polymerase chain reaction (pcr)جهت شناسایی و ردیابی این باکتری مورد مطالعه قرار گرفت. بدین منظور ابتدا قطعه 16s rrna از ژنومx.a.j جدا شده از گردو در استان زنجان، تکثیر و تعیین توالی گردید. پس از مقایسه توالی قطعه با توالی های موجود در genbank، دو پرایمر f و r1 طراحی گردید. مخلوط واکنش و برنامه pcr طراحی و بهینه سازی شد بطوریکه جفت پرایمر طراحی شده توانست یک قطعه bp 320 از ژنوم باکتری عامل بیماری را تکثیر نماید. نتیجه pcr برای کلیه جدایه های باکتری عامل بیماری اخذ شده از کلکسیون گروه گیاهپزشکی دانشگاه زنجان مثبت بود در حالیکه از ژنوم هیچ یک از باکتری های اپی فیت جدا شده از قسمت های هوایی گردو قطعه ای تکثیر نگردید. این اولین گزارش از طراحی پرایمر های اختصاصی برای باکتری x.a.j می باشد.