هدف از این پژوهش ارزیابی تنوع ژنتیکی نژادهای مختلف ماهی قزل آلای رنگین کمان (ایرانی، فرانسوی و دانمارکی) با استفاده از جایگاه های d-loop و سیتوکرم b dna میتوکندریایی بوده است. dna به روش فنل-کلروفرم از بافت باله ی دمی 135 قطعه ماهی استخراج و واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) جهت تکثیر یک قطعه 986 جفت بازی از ناحیه ی d-loop و یک قطعه 974 جفت بازی از ژن سیتوکرم b دی. ان. ای میتوکندریایی و با استفاده از دو جفت پرایمر اختصاصی انجام گرفت. صحت محصولات تکثیر شده روی ژل آگارز 5/1 درصد آزمون و جهت تعیین ژنوتیپ از تکنیک pcr-rflp و تیمار آنزیمی mspa1i، ppumi، , hha1،nari aci1 , وbgiii (برای ژن سیتوکروم (b و apoi، bs1i، mspai و bstui(برای ناحیه ی d-loop) استفاده شد. نتایج پژوهش عدم وجود چند شکلی توسط آنزیم های به کار گرفته شده در جایگاه d-loop را نشان داد. همچنین از 6 آنزیم مورد استفاده برای برش آنزیمی محصول pcr ژن سیتوکروم bآنزیم-های acii، mspa1iو nari در محصول pcr نمونه های نژاد های مختلف چند شکلی را نشان دادند و الگوی برشی آن ها متفاوت بوده است. با توجه به الگوهای هضم آنزیمی، در مجموع 4 هاپلوتیپ بوجود آمد. آزمون مربع – کای نشان داد که وفور هاپلوتیپی در بین نژادهای ایرانی - دانمارکی و فرانسوی – دانمارکی از نظر آماری معنی دار بوده (p</0.05) در حالی که بین نژادهای فرانسوی – ایرانی این اختلاف معنی دار نبوده است (p>0.05). فاصله ژنتیکی بین دو نژاد ایرانی و فرانسوی 0008/0، بین دو نژاد ایرانی و دانمارکی 1988/0 و بین دو نژاد فرانسوی و دانمارکی 1976/0 به دست آمد. درخت فیلوژنی ترسیم شده بر اساس روش دندوگرام، جمعیت های ماهی مورد مطالعه را در دو گروه مجزا از هم شامل جمعیت های ایرانی و فرانسوی (گروه اول) و جمعیت دانمارکی (گروه دوم) قرار داد. با توجه به تشابه ژنتیکی بسیار بالا بین دو جمعیت ایرانی و فر انسوی احتمالا" می توان نتیجه گیری نمود که منشا اولیه ی این جمعیت از ماهیان مولد فرانسوی تامین شده و یا اینکه در طی زمان در مراکز تکثیر و پرورش مولدین جابه جایی بین این دو نژاد انجام گرفته است.