مسئله هویت از موضوعات بحث برانگیز علوم مختلف به خصوص در رشته های علوم سیاسی، روانشناسی، جامعه شناسی و معماری به شمار می آید. از اینرو در مورد هویت تعاریف و تحقیقات بسیاری در علوم مختلف صورت گرفته است. در حوزه معماری کشورمان نیز در حدود یک دهه مسئله هویت مطرح و مورد توجه قرار گرفته است. در این رساله ابتدا سوالی مطرح می شود که هویت به صورت عام و هویت فرهنگی به صورت خاص چیست؟ مولفه ها و لایه های فرهنگی هویت بخش معماری مسجد – مدرسه ها به عنوان یکی از الگوهای مدارس دوره قاجار چیست؟ روش تحقیق انتخابی، روش تفسیری- تاریخی می باشد و با مطالعات کتابخانه ای در عرصه معماری مسجد – مدرسه ها و تحولات فرهنگی دوره قاجار و مطالعات میدانی به صورت حضور در بنا و مشاهده مستقیم؛ تلاش بر این است تا ویژگی های معماری مسجد – مدرسه های دوره قاجار به عنوان دوره شروع تحولات در مدارس سنتی و دوره ظهور مدارس جدید در ایران، مورد بررسی و ارزیابی قرار گیرد. بطور کلی هدف تحقیق، بازشناسی مفهوم هویت فرهنگی در معماری مسجد – مدرسه های دوره قاجار می باشد و استفاده از ویژگی های هویتی معماری آن در معماری مدارس امروز می باشد. یافته های تحقیق نشان می دهد که تحولات فرهنگی دوره قاجار غالبا بر طرح کلی موجود در معماری مسجد - مدرسه های دوره قاجار تاثیری غیر مستقیم و بر عناصر معماری اینگونه بناها تاثیری هم مستقیم و هم غیر مستقیم و بر نقوش کاشی کاری و حجاری مسجد - مدرسه های دوره قاجار تاثیری مستقیم داشته اند. الگوی طراحی چندان نامشخص معماری، پیچیدگی و تنوع فضائی، گشایش و سبکی فضائی حیاط توسط فضای مهتابی و تحول در فضای گنبدخانه، نوگرائی غربی و موارد مشابه از جمله تاثیرات غیرمستقیم تحولات فرهنگی دوره قاجار بر معماری مسجد – مدرسه های دوره قاجار است. تعداد زیاد گلدسته ها، تحول در فرم و اجزاء مناره ها، کاربرد قوس های خفته و قاب های خالی در نما، تنوع طرح حجره، برج ساعت، تلفیق درون گرائی و برون گرائی و موارد مشابه همه نشانه هائی از تاثیرپذیری مستقیم و غیر مستقیم عناصر معماری اینگونه بناها است. همچنین کاهش نقوش اسلیمی و ختائی انتزاعی، ظرافت و ریزه کاری نقوش گلدانی، چرخش های بزرگ و شاخه هائی نسبتا ضخیم نقوش اسلیمی و ختائی، کاربرد انواع گل واقع گرا به خصوص گل سرخ و زنبق، منظره های معماری، میوه انگور، نقش پرندگان و کاسه بشقاب سازی، نقش دو گلدان روی هم، نقش گلدان یا شبیه گلدان به صورت ترکیبی با انواع نقوش و قاب بیضی شکل، نقش های جدیدی همچون شمعدان، تاج، کوپید، انسان لباس دار و موارد مشابه؛ همه نشانه هائی از تاثیرپذیری مستقیم تزیینات کاشی کاری و حجاری مسجد – مدرسه های دوره قاجار از تحولات فرهنگی و دانش های جدید دوره قاجار است.