موش بدلیل اینکه می تواند مخزن و یا حامل بسیاری از میکروارگانیزم های بیماری زای انسانی باشد نقش مهمی در بهداشت عمومی ایفا می نماید. مطالعه ی حاضر با هدف تعیین حضور برخی عوامل باکتریایی بیماری زای مشترک در نمونه های سکوم، کبد، کلیه و نازوفارینکس موش های خانگی منازل حاشیه ای منطقه شهرکرد انجام گرفته است. تعداد صد و هفت موش از مناطق فوق بصورت تصادفی و با تله گذاری اخذ و جمع آوری شد. چهارصد و بیست و هشت نمونه نازوفارینکس، سکوم، کبد و کلیه (هر کدام صد و هفت) جهت جدا سازی باکتری های استرپتوباسیلوس مونیلی فورمیس، استرپتوکوکسی، استافیلوکوکوسی، سروتیپ های سالمونلا و اشریشیا کولی استفاده شد، جهت تشخیص آلودگی نمونه ها به لپتوسپیرا از روش pcr استفاده شد. آلودگی با لپتوسپیراهای بیماری زا، استرپتوباسیلوس مونیلی فورمیس و استافیلوکوکوس کوآگولاز مثبت در نمونه های کبد، کلیه و نازوفارینکس مشاهده نگردید. باکتری های جدا شده در این مطالعه عبارت بودند از اشریشیا کولی (9/58%)، پروتئوس ولگاریس (5/7%) و سروتیپ های سالمونلا (6/5%). از دیگر باکتری های غالب جدا شده می توان استافیلوکوکوس های کوآگولاز منفی (6/19%)، استرپتوکوکوس های آلفا همولایتیک (7/4%) و استرپتوکوکوس های بتا همولایتیک (5/7%) را نام برد.