مطالعات بیولوژیک و اکولوژیک منابع آب از موضوعات مهم در تحقیقات و بررسی های علمی محسوب می شود. در این راستا شناسایی هر اکوسیستم، موجودات زنده و فاکتورهای زیست محیطی حاکم بر آن، گام نخست این تحقیقات علمی است. ارزیابی وضعیت کیفی آب ها از طریق پایش های دائم، پایه و اساس برنامه ریزی جهت کنترل و کاهش آلودگی محسوب می شود. از آنجایی که جوامع زیستی نسبت به کیفیت آب حساس بوده و تحت تأثیر عوامل آلاینده قرار می گیرند، می توانند منعکس کننده کیفیت آب در اکوسیستم های آبی باشند. استفاده از بی مهرگان کفزی به عنوان شاخص زیستی از پر کاربردترین روش های ارزیابی کیفیت آب است. تالاب چغاخور در موقعیت اقلیمی خاص (فلات مرکزی ایران) در استان چهار محال و بختیاری واقع شده و با توجه به قرار گرفتن در لیست تالاب های بین المللی در کنوانسیون رامسر از اهمیت ویژه ای برخوردار است. با وجود اهمیت اقتصادی- اجتماعی این تالاب برای ساکنان منطقه و اهمیت اکولوژیک آن به خصوص برای زمستان گذرانی پرندگان مهاجر، تا کنون هیچ برنامه جامعی برای بررسی کیفیت آب و شاخص های زیستی آن در جهت ارزیابی سلامت و اعمال مدیریت مناسب صورت نگرفته است. بر این اساس در تحقیق حاضر تلاش گردید تا کیفیت آب تالاب چغاخور به کمک تعدادی از شاخص های زیستی مورد ارزیابی قرار گیرد. به منظور محاسبه شاخص های کیفی (wqi، bmwp، aspt، (hbi و شاخص های غنا و تنوع بزرگ بی مهرگان کفزی، در سطح تالاب تعداد 10 ایستگاه، به طوریکه تمام سطح تالاب را تحت پوشش قرار دهد، انتخاب و نمونه برداری از آب (جهت آنالیز فاکتور های فیزیکوشیمیایی) و رسوبات بستر تالاب (جهت شناسایی موجودات کفزی) از اردیبهشت تا اسفند ماه سال 1389 با تناوب 45 روز یک بار صورت گرفت. شاخص wqi با استفاده از یازده پارامتر کیفی آب، شامل نیترات، نیتریت، قلیائیت، سختی، کدورت، هدایت الکتریکی، اکسیژن محلول، آمونیوم، tds، ph و bod5 اندازه گیری شد. نتایج حاصل از محاسبه شاخص wqi نشان داد که این تالاب از نظر وضعیت کیفی آب، شرایط مناسبی نداشته و کیفیت آب تالاب در طی دوره مطالعه در دو طبقه کیفی خیلی فقیر و نامناسب قرار داشت که برای مصارف انسانی از جمله شرب مناسب نبود. به همین ترتیب شاخص bmwp کیفیت آب تالاب را در دو طبقه متوسط و بد و شاخص aspt آب تالاب را در دوطبقه کیفی آلودگی متوسط و شدید ارزیابی کرد. همچنین شاخص hbi کیفیت آب تالاب را در دو طبقه نسبتاً فقیر (آلودگی قابل توجه) و فقیر (آلودگی اساسی) و شاخص تنوع شانون، آب تالاب را در طبقه کیفی با آلودگی متوسط قرار داد. بدین ترتیب تمامی شاخص های محاسبه شده برای ارزیابی کیفیت آب تالاب چغاخور ضمن تأیید یکدیگر، کیفیت آب تالاب را متوسط تا بد ارزیابی کردند. هرچند که به نظر می رسد پایش زیستی و کیفی تالاب حداقل در یک دوره دو ساله می تواند نتایج بسیار دقیق تری در رابطه با تغییرات کیفی آب تالاب به دست دهد. با توجه به نتایج حاصل می توان گفت که این شاخص ها برای ارزیابی کیفیت آب تالاب چغاخور مناسب بوده و می توانند به عنوان معیاری برای ارزیابی کیفیت آب تالاب به کار گرفته شوند. بعلاوه، این شاخص ها و به خصوص شاخص wqi می توانند پس از سازگاری با شرایط آب و هوایی کشور، در خصوص سایر تالاب ها مورد استفاده واقع شوند.