زنگ قهوه ای یا زنگ برگ یکی از مهم ترین بیماری های گندم است که تقریباً در تمام مناطق کشت این گیاه وجود داشته و باعث کاهش عملکرد محصول می گردد. به منظور تولید ارقام مقاوم باید ژن های مقاومت در منابع ژنتیکی شناسایی شده و از طریق ترکیب این ژن ها در یک پایه ژنتیکی مطلوب، مقاومت پایدار نسبت به عامل بیماری زا ایجاد گردد. در این پژوهش به منظور شناسایی حضور یا عدم حضور ژن های مقاومت به زنگ قهوه ای lr9، lr26، lr28، lr34 و lr35 با استفاده از نشانگرهای مولکولی sts و scar در 84 ژنوتیپ مختلف گندم، ابتدا بذور تمام ژنوتیپ ها به همراه بذور مربوط به لاین آیزوژنیک هر ژن مقاومت به عنوان رقم کنترل مثبت و بذر رقم کنترل منفی thatcher کشت گردید. dna کلیه نمونه ها با استفاده از روش sds استخراج گردید. براساس نتایج حاصل از واکنش زنجیره ای پلیمراز ژن های مقاومت lr9 و lr35 تنها در رقم کنترل مثبت وجود داشت و این ژن ها در رقم کنترل منفی و سایر ژنوتیپ های مورد بررسی در این پژوهش مشاهده نگردید. حضور ژن مقاومت lr26 علاوه بر لاین آیزوژنیک مربوط به این ژن مقاومت در ژنوتیپ های آرتا، پیشتاز، شیرودی و فلات شناسایی گردید. علاوه بر لاین آیزوژنیک مربوط به ژن مقاومت lr34، حضور این ژن مقاومت در ژنوتیپ های اصلاح شده اکبری، بم، تجن، خزر 1، سیستان و نیک نژاد شناسایی گردید. آغازگر lr28-01/02 مربوط به ژن مقاومت lr28 موجب تکثیر نشانگر sts در تمام ژنوتیپ ها حتی آن هایی که فاقد ژن مورد نظر بودند گردید در نتیجه نیاز است یک آغازگر اختصاصی برای این ژن مقاومت طراحی گردد.