شمشاد (buxus hyrcana)، گونه درختی نادر و در معرض خطر در بعضی نواحی جنگل های هیرکانی شمال ایران است که نقش مهمی را در نگهداری از چشم انداز و اکوسیستم بازی می کند. در این مطالعه، نشانگرهای rapd و issr به منظور بررسی تنوع ژنتیکی سه جمعیت طبیعی شمشاد استفاده شدند. 4 آغازگر rapd 39 باند با 37 (87/94%) چند شکلی را تولید کردند و 4 آغازگر issr 42 باند با 38 (5/90%) چند شکلی را افزودند. تنوع ژنتیکی به وسیله شاخص شانون و تنوع ژنی نئی تخمین زده شد و به ترتیب 87/44%، 14/29% (بواسطه rapds) و 47/50%، 14/34% (بواسطه issrs). هر دو آنالیزهای rapd و issr سطح بالایی از تنوع ژنتیکی در جمعیت های شمشاد را آشکار کردند. به علاوه، آنالیز خوشه ای با استفاده از نرم افزار ntsys انجام شد. رویشگاه قرن آباد بیشترین تفاوت را با سایر توده ها نشان داد و در گروه مجزا قرار گرفت و بیشترین شباهت بین توده های بندرگز و سیسنگان مشاهده شد. نتایج همچنین نشان داد که روش rapd و issr برای ارزیابی تنوع ژنتیکی میان توده های شمشاد با دقت بالا بسیار مناسب به نظر می رسد. هدف، ارزیابی سطح تنوع ژنتیکی شامل اختلاف ژنتیکی درون و بین جمعیت های طبیعی شمشاد و فراهم کردن اطلاعات مقدماتی به منظور برنامه حفاظت بوده است. کلمات کلیدی: شمشاد، rapd، issr، شاخص شانون، تنوع ژنی نئی.