کنجد یکی از قدیمی ترین گیاهان کشت شده توسط بشر بوده و به موجب کیفیت عالی روغن دانه که دارای بوی مطبوع و مزه خوبی است، این دانه را ملکه دانه های روغنی می نامند. یکی از مهم ترین کاربرد نشانگرهای مولکولی در اصلاح نباتات ارزیابی پتانسیل ذخایر توارث گیاهی است. در طی چند دهه اخیر نشانگرهای مولکولی متنوعی در راستای اصلاح گیاهان ایجاد و به کار رفته است. از کاربرد های مهم نشانگرهای مولکولی می توان به استفاده گسترده آن ها در انگشت نگاری، اینترگرسیون آلل ها و مطالعه تنوع ژنتیکی بسیاری از گیاهان اشاره نمود. در این تحقیق به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 46 ژنوتیپ کنجد جمع آوری شده از مناطق مختلف از 2 تکنیک مبتنی بر آغازگرهای ریز ماهواره ای ssr و issr استفاده گردید. از بین 20 آغازگر issr مورد استفاده، 16 آغازگر با ایجاد چندشکلی مناسب انتخاب شدند. در مجموع 140 باند با اندازه ی بین 200 تا 2000 جفت باز ایجاد و امتیاز دهی گردیدند. دو آغازگر 844 و 868 با 14 نوار چند شکل و آغازگر b6 با 3 نوار چند شکل به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد نوار چند شکل را به خود اختصاص دادند. آغازگرهای 11 و b6به ترتیب بیشترین و کمترین محتوای چندشکلی (pic) را نشان دادند. تنوع ژنی نی 27/0 و شاخص اطلاعاتی شانون برابر42/0 محاسبه شد. میانگین تعداد قطعات برای هر آغازگر در ژنوتیپ های مورد بررسی 75/8 بود. با استفاده از نرم افزارntsys pc 2.02 با ماتریس شباهت jacard و روش upgma دندروگرام ژنوتیپ ها بر اساس داده های issr ترسیم گردید. پس از تجزیه تحلیل داده ها نمودار خوشه ای 5 گروه اصلی را مشخص نمود. تنوع ژنتیکی ژنوتیپ ها با استفاده از نشانگر ssr نیز سنجیده شد. در این روش از 10 جفت آغازگر ssr مورد استفاده، 8 جفت آغازگر باندهای pcr چند شکل با الگوی نواری مناسب ایجاد کردند. در مجموع 30 باند(آلل) ایجاد و امتیازدهی گردید. تعداد آلل های تکثیر شده توسط هرکدام از این جفت آغازگرها از 2 تا 6 آلل متغیر بود و در هر لوکوس به طور میانگین 4 آلل مشاهده گردید. دامنه ی اندازه قطعات تکثیر شده بین 150 تا 300 جفت باز بود. میزان هتروزیگوسیتی و محتوای اطلاعات چندشکلی(pic) و تنوع ژنی در ژنوتیپ های مورد بررسی به ترتیب 66/0 ، 51/0 و 58/0 مشاهده شد. با استفاده از نرم افزارntsys pc 2.02 با ماتریس شباهت jacard و روشupgma دندروگرام ژنوتیپ ها بر اساس داده های ssrترسیم گردید و ژنوتیپ ها به 9 گروه تقسیم شدند. نتایج گویای این مطلب می باشد که ژنوتیپ ها به طور کامل براساس موقعیت جغرافیایی تفکیک نشدند. عملکرد این 2 نشانگر در تفکیک و گروه بندی ژنوتیپ ها تا حدی با هم متفاوت بود که احتمالا به تفاوت ماهیت دو نشانگر مربوط می شود. ترکیب داده های حاصل از هر 2 نشانگر نیز توانست گروه بندی دقیق تری در بین ژنوتیپ ها ارائه دهد.