گل جالیز (.pps orobanche) پارازیت ریشه ی طیف گسترده ای از گیاهان زراعی می باشد. بررسی تنوع درون و بین جمعیت های عوامل بیماری زا در برنامه های گزینش، جهت شناسایی منابع مقاومت، و نیز در راهبردهای اصلاح برای مقاومت علیه پارازیت اهمیت فراوانی دارد. در این تحقیق بررسی تنوع ژنتیکی 11جمعیت گل جالیز، جمع آوری-شده از نواحی مختلف شمال غرب ایران، با استفاده از 20 آغازگر issr انجام گرفت. آغازگرهای مورد استفاده در مجموع 261 باند تولید نمودند که 245 باند (94%) چند شکل بودند که بیانگر تنوع ژنتیکی بالای جمعیت های مورد مطالعه می باشد. تعداد باند چند شکل در هر آغازگر بین 4 ((ag)8t) تا 17((ac)8g) با میانگین 12 بود. ماتریس تشابه ژنتیکی برای افراد با استفاده از ضریب تشابه جاکارد تشکیل شد. همچنین فاصله ی ژنتیکی نی برای جمعیت ها محاسبه گردید. از بین نمونه های مورد مطالعه، بیشترین تشابه (71/0) بین نمونه های "عبداله هچی 26" و "عبداله هچی 38" هر دو از بوکان و کمترین تشابه (33/0) بین نمونه های "مهاباد1-1" و "ساری بگلو" به ترتیب از مهاباد و ارومیه بدست آمد. در هیچ کدام از جمعیت ها باند اختصاصی دیده نشد. بر اساس نتایج تجزیه کلاستر با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و الگوریتم upgma افراد مورد بررسی در 6 گروه اصلی قرار گرفتند. با توجه به نتایج بدست آمده تفاوت منطقه ی جغرافیایی تاثیر چندانی بر تنوع ژنتیکی نمونه ها نداشته است؛ به طوری که توده های مربوط به مناطق جغرافیایی بسیار نزدیک در گروه های مجزا قرار گرفتند. بر اساس نتایج تجزیه واریانس مولکولی، میزان تنوع ژنتیکی درون جمعیت ها 99% محاسبه شد. این نتایج پتانسیل کاربرد نشانگر issr جهت جداسازی افراد و جمعیت-ها را نشان می دهد. با توجه به سطح بالای تنوع ژنتیکی درون جمعیت های مورد مطالعه، گل جالیز از تهدیدات جدی کشاورزی در منطقه ی شمال غرب ایران محسوب می شود. این مساله، ضرورت توجه به تنوع پارازیت در طراحی پروژه های اصلاحی، جهت ایجاد مقاومت در گیاهان میزبان را نشان می دهد.