کازئین ها پروتئین های شیر هستند که توسط سلول های پستان تولید می شوند و 78 تا 82 درصد از پروتئین های شیر گاو را تشکیل می دهند. ژن های کازئین ها به یکدیگر متصل هستند و با هم به ارث می رسند و در حال حاضر به عنوان مارکر مولکولی به منظور marker assisted selection برای بهبود خواص شیر استفاده می شوند. کاپاکازئین یکی از مهم ترین کازئین ها است که نقش بسیار مهمی در شکل دهی، پایداری و تجمع میسل های کازئین دارد و در طی تولید پنیر به بافت آن قوام می بخشد. مطالعه ی ساختار میکروسکوپی پنیر نقش مهمی را در کنترل کیفیت فرآورده های شیر ایفا می کند و تا حد زیادی وابسته به ساختار بیوشیمیایی کاپاکازئین و پلی مورفیسم توالی آمینواسیدهای آن است. در این مطالعه ژن کاپاکازئین مربوط به 50 نمونه از گاوهای هولشتاین ایران به وسیله ی روش pcr-sequencing بررسی شد و ارتباط پلی مورفیسم های موجود در این ژن با بازدهی و تراکم میکروسکوپی پنیرهای حاصل از شیر این گاوها مورد ارزیابی قرار گرفت و مشخص شد که این ژن در جمعیت مورد مطالعه دارای 4 واریانت ژنتیکی می باشد که شامل a، b، c و e هستند و بیشترین بازدهی و تراکم پنیر مربوط به واریانت b بوده و کمترین مربوط به واریانت e است.