یکی از مهم ترین مشکلات تولید تجاری بادام در دنیا وجود خاصیت خودناسازگاری در آن است و هم اکنون محققان بسیاری در حال اصلاح ارقام مختلف بادام از لحاظ خودسازگاری هستند. خودسازگاری در بادام به صورت گامتوفیتیک است که توسط یک لوکوس منفرد چندآللی به نام لوکوس s کنترل می شود. خودناسازگاری گامتوفیتی یک مکانیزم بسیار گسترده در گیاهان گلدار است که از خودباروری جلوگیری نموده و سبب دگرباروری می گردد. بسیاری از گونه های بادام بجز تعداد بسیار معدودی خودناسازگار هستند. در این پایان نامه با استفاده از پرایمرهای اختصاصی جهت تکثیر آلل های s در ژنوتیپ های مختلف به بیان وجود آلل های خودسازگار و یا خودناسازگار در این ژنوتیپ ها می پردازیم. طی سال های گذشته در یک برنامه اصلاحی برخی ارقام خودسازگار و ارقام تجاری خودناسازگار با یکدیگر تلقیح داده شده بودند. به عنوان بخشی از این برنامه اصلاحی که در ایستگاه تحقیقاتی کمال آباد کرج انجام شده است، ما به بررسی 15 ژنوتیپ از لحاظ خودسازگاری پرداختیم و آلل های s موجود در آن ها را با استفاده از آغازگرهای اختصاصی هر آلل مشخص نمودیم. پرایمرهای sff-sfr ، cebador2-cebador8 و conf-conr به ترتیب باندهای 450، 1200 و 1200 جفت بازی برای آلل های خودسازگاری در نتاج خودسازگار تشکیل دادند. دو آغازگر as1ii و amyc5r باندهای 1100، 1200، 800 و 600 جفت بازی برای آلل های s1، sf/s3، s2 و s5/s25 تشکیل دادند. با استفاده از دو آغازگر cebador1-cebador3 باندی مربوط به آلل s1 تشکیل شد و با استفاده از جفت آغازگر s3f-s3r2 آلل s3 که پیش از این با دو آغازگر as1ii و amyc5r قابل تمایز از آلل خودسازگار (sf) نبود مشخص و جدا شد. آغازگرهای s2f و s2r نیز باندی اختصاصی جهت تشخیص آلل s2 تولید نمودند. سایر باندهای بدست آمده از آلل های وحشی تاکنون از منابع مختلف گزارش نشده است.