انار یکی از قدیمی ترین گونه های گیاهی شناخته شده است که خاستگاه آن را به ایران و برخی از مناطق اطراف آن نسبت می دهند. تفکیک ارقام انار عمدتاً بر اساس خصوصیات مورفولوژیک مانند رنگ پوست وآریل میوه انجام می گیرد که تحت تاثیر اکوسیستم محل کشت است. برای گیاهانی از این قبیل که در گستره وسیع جغرافیایی کشت می شوند وجود چند نام برای یک ژنوتیپ در مناطق مختلف شایع است. استفاده از نشانگر های مولکولی به عنوان یک روش دقیق و کارآمد در تشخیص و تمایز ژنوتیپ ها جهت اصلاح و تجاری سازی ارقام انار می تواند مفید واقع شود. امروزه از نشانگر های مولکولی مختلفی جهت تشخیص تنوع ژنتیکی بین برخی از ژنوتیپ های انار استفاده شده است، ولی علی رغم تنوع مورفولوژیک بالا، تنوع ژنتیکی پایینی بین ژنوتیپ های مورد مطالعه مشاهده شده است. در این تحقیق از نشانگر srap (sequence-related amplified polymorphism) که نواحی بیان شونده ژنوم را مورد هدف قرار می دهد و توالی dna ریبوزومی هسته ای که کد کننده ، rrna s8/5 و ناحیه its1 و its2 است، برای تشخیص تنوع ژنتیکی بین ژنوتیپ ها و رابطه فیلوژنی بین انار با سایر گیاهان استفاده شد. نشانگر srap به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی بین 63 ژنوتیپ وحشی اهلی و زینتی از پنج منطقه جغرافیایی مختلف در ایران استفاده گردید. از 13 ترکیب آغازگر مورد استفاده 250 باند تکثیر شد که از این میان 133 باند(53%) چند شکل بود. میانگین محتوای اطلاعات چند شکل برای کل ترکیب های آغازگر 28/0 محاسبه شد. فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ ها با میانگین 24/0 از 1/0 تا 37/0 متغیر بود. تجزیه خوشه ای با روش neighbor-joining انجام شد که بیانگر رابطه نزدیک بین ژنوتیپ های زینتی و برخی از ژنوتیپ های وحشی بود. اگرچه نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی تفاوت معنی داری بین ژنوتیپ های مناطق مختلف نشان داد (0048/0 p-value=) ولی تنوع ژنتیکی عمدتاً مربوط به ژنوتیپ های درون نواحی بود. نتایج حاصل بیان کننده تنوع ژنتیکی پایین (025/0fst= ) و جریان ژنی بالا (nm=2.28) بین مناطق مختلف جغرافیایی است. همچنین داده های حاصل از توالی یابی ناحیه its بر روی 20 ژنوتیپ انار حاکی از وجود تفاوت بین ژنوتیپ های انار در محتوی و طول این ناحیه بود. طول ناحیه its2 ازbp 246 تاbp 250 متغیر بود در حالیکه ناحیه its1 در همه ژنوتیپ ها 206 باز داشت. ناحیه its2 داده های کارآمدتری را نسبت به ناحیه its1 ایجاد نمود. تجزیه خوشه ای با استفاده از روش maximum parsimony ژنوتیپ ها را در سه خوشه گروه بندی کرد. آنالیز مقایسه ای ساختار ثانوی? توالی رونویسی شده ناحیه its2 و پایداری ترمودینامیکی آن، پنج ساختار متفاوت ایجاد کرد که در تفکیک برخی از ژنوتیپ های انار موثر بود. تجزیه خوشه ای توالی ناحیه its2، تایید کننده مطالعات پیشین است که جنس punica را در خانواده lythraceae در کنار جنس های laofensia، galphinia و capuronia قرار می دهد.