چکیده مبارزه شیمیایی یکی از راه های موثر کنترل علف های هرز گیاهان زراعی می باشد. گلایفوسیت یکی از مهمترین علف کش-هایی است که علاوه بر از بین بردن گیاهان ناخواسته، اثرات سوء بر انسان و محیط زیست ندارد. مشکل اصلی این ماده، حساسیت اکثر گیاهان زراعی به آن است. یکی از راه های حل این مشکل، شناسایی ژن هدف گلایفوسیت (aro a) در گیاه مقاوم و انتقال آن به گیاهان زراعی و ایجاد گیاهان مقاوم می باشد. گیاه نی (phragmites australis) تحمل نسبی به این علف کش را نشان می دهد. در این تحقیق، جداسازی بخشی از این ژن از گیاه نی از طریق طراحی پرایمرهای ویژه از نواحی حفاظت شده از طریق واکنش pcr انجام شد. سپس این ناحیه در پلاسمید ptz از طریق t/a cloning، همسانه سازی شد. آنالیزهای مولکولی لازم انجام و جهت تأیید نهایی تعیین توالی گردید. توالی نوکلئوتیدی حاصل ( bp670)، با سایر توالی ها در بانک های ژن تطابق داده شد که نتایج این تطابق وجود تشابه قابل توجهی را با توالی های مختلفی از جمله برنج، ذرت، جو، گندم، سورگوم، نوعی چمن، چچم، علف غاز و فلفل زینتی نشان داد. توالی آمینو اسیدی حاصل از این بخش (98 آمینو اسید) از توالی نوکلئوتیدی نیز با سایر توالی های آمینو اسیدی در بانک پروتئین تطابق داده شد که تشابه قابل توجهی را با توالی های زیادی نشان داد. رسم درخت فیلوژنتیک و تعیین فاصله ژنتیکی بین این توالی ها نیز این نتیجه را تأیید نمود. با بررسی توالی آمینو اسیدی این ژن در گیاه نی با توالی های آمینو اسیدی حفاظت شده epsps مشخص گردید که این نواحی حفاظت شده نیز در این بخش از پروتئین epsps گیاه نی موجود است. با استفاده از توالی آمینو اسیدی این بخش از ژن، خصوصیات و ساختار سه بعدی پلی پپتید پیش بینی گردید، همچنین تأیید شد که این پلی پپتید از خانواده ترانسفرازها و اختصاصاً (5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase) است.