سرو زربین به عنوان یکی از چهار گونه سوزنی برگ بومی کشور و یکی از مهمترین ذخایر ژنتیکی ایران محسوب می شود. در این تحقیق از نشانگر مولکولیaflp برای بررسی تنوع ژنتیکی گونه سرو زربین در سه رویشگاه که به صورت ذخیره گاه در شمال کشور حفاظت می گردند، استفاده شد. نمونه برداری از سرشاخه های جوان، انجام گرفت و استخراج dna از نمونه برگ با استفاده از کیت شرکت کیاژن (dneasy mini kit) و بر اساس روشی که در دستور کار کیت بود انجام شد. مراحل aflp بر پایه روش vos و همکاران (1995) با کمی تغییرات انجام گردید. ارزیابی تنوع ژنتیکی درون و بین جمعیتی به کمک آماره های، چند شکلی جایگاه ژنی (pic)، اطلاعات شاخص شانون، گروهبندی به کمک آنالیز خوشه ای و آنالیز واریانس مولکولی (amova) با نرم افزارهای مربوطه انجام شد. 8 ترکیب آغازگری استفاده شده در مجموع 786 باند قابل امتیازدهی ایجاد کردند که تعداد 680 باند (51/86%) چند شکل بودند. از بین جمعیت های مورد مطالعه، بیشترین مقدار pic (424/0) و بالاترین مقدار اطلاعات شاخص شانون (371/0) مربوط به جمعیت حسن آباد بود. میزان تشابه ژنتیکی بین جمعیت ها از 67/0 تا 75/0 متغیر بود. بیشترین تشابه ژنتیکی بین دو جمعیت رودبار رشت و حسن آباد چالوس و کمترین تشابه بین رودبار رشت و جمعیت زرین گل علی آباد مشاهده شد. دندروگرام به دست آمده با استفاده از روش upgma جمعیت های مناطق مختلف را در 4 گروه قرار داد که در این میان جمعیت زرین گل و رودبار هر کدام در یک گروه واحد پراکنده شدند، در حالیکه پایه های منطقه حسن آباد در دو زیرگروه قرار گرفتند. تجزیه به مختصات اصلی (pco) نیز نتایج تجزیه خوشه ای را تایید نمود. در مجموع تنوع درون جمعیت ها از تنوع بین آنها بیشتر بود و آنالیز واریانس مولکولی (amova) نیز معنی داری این تفاوت را تایید می کند. با توجه به نتایج این تحقیق ماهیت بالای تفکیک سازی نشانگر aflp به خوبی تایید می شود.