پادشاهان صفوی خود را اولاد امیرالمومنین علی (ع) معرفی کرده و بنیان سلطنت خویش را با ترویج و تبلیغ مذهب شیعه و مبارزه با مخالفان و منکران این مذهب استوار ساخته بودند. شاه عباس اول نیز، در دین اسلام و مذهب شیعه دوازده امامی بسیار متعصب بود. دوران سلطنت شاه عباس اول را می توان دوران اوج مذهب تشیع، در عصر صفویه به شمار آورد. نمودهای این امر را در حوزه های مختلفی همچون ارادت و احترام فراوان او به امامان معصوم (ع) و رسیدگی وتوسیع مقابر ائمه توسط این شاه صفوی، انجام بیشترین میزان سفرهای زیارتی از سوی او، توجه ویژه وی به مسئله وقف و به تبع آن رشد فزاینده و چشمگیر نهاد اوقاف در این دوره و مسائلی از این قبیل، شاهد بود. اهل تسنن دیگر اقلیت مذهبی مسلمان این دوره به شمار می رود. شاه عباس اول در دوران پادشاهی خود، با سنی مذهبان، مهربان و خوشرفتار نبود و آنان را با رعایای شیعه یکسان نمی شمرد. رویکرد دینی وی در قبال این اقلیت، گاه رویکردی توأم با تسامح و مدارا و اغلب سیاستی خصمانه و سرکوبگرایانه بوده است. مسیحیان، یهودیان، زرتشتیان و هندوها از جمله اقلیت های مذهبی غیر مسلمان این دوره به شمار می آیند. علی رغم برخورد سختگیرانه ی شاه عباس اول با سنیان، این شاه صفوی با پیروان ادیان دیگر، مخصوصا عیسویان بسیار مهربان بود. به طور کلی، شاه عباس اول در برخورد با اقلیت های مذهبی غیر مسلمان قلمرو حاکمیت خویش، سیاست آزاداندیشانه ای را در پیش گرفت و برخلاف شاهان صفوی پیش از خود، سیاست تسامح و مدارای مذهبی با اقلیت های دینی را در دوران سلطنت خود، اتخاذ نمود. در دوران پادشاهی وی، پیروان همه ادیان، از عیسوی و یهود و زردشتی، در هر شهر محله ای مخصوص خود داشتند و در آن جا با کمال آزادی، مطابق آداب و رسوم خود زندگی می کردند. شایان ذکر می باشد که، اقلیت مسیحی در دوران سلطنت شاه عباس اول، نسبت به دیگر اقلیت های مذهبی این دوره (یهودیان، زرتشتیان و هندوها)؛ از بیشترین میزان آزادی دینی، برخوردار بوده اند و مورد حمایت و پشتیبانی ویژه شاه عباس اول بودند. از این رو، شاهد حضور فعال و فراوان ارامنه در امور اقتصادی و علی الخصوص تجارت این دوره، رشد فزاینده رفت و آمد سفیران و مبلغان مذهبی به ایران و تأسیس کلیساها و صومعه های مذهبی بسیاری از سوی این این گروهها در این عهد می توان بود.