بمنظور بررسی تنوع هاپلوتیپیqtl های کنترل کننده تحمل به شوری در گندم، 100 لاین کرانه ای گندم نان که شامل ژنوتیپ های حساس و متحمل به شوری گندم نان بودند در قالب طرح لاتیس دوگانه با دو تکرار در شرایط مزرعه ای شوری (ece= 10 dsm-1) و نرمال (ece= 4 dsm-1) در یزد و کرمان ارزیابی شدند. نتایج حاصل از تجزیه مرکب صفات مورد مطالعه اختلاف معنی داری را بین ژنوتیپ ها نشان داد. در نهایت با توجه به نتایج عملکرد بدست آمده از محیط های مختلف لاین های شماره 26،40، 48 ،51، 49، 54، 55، 59، 60، 66، 67، 69 ،73، 75، 83، 87، 89 و 94 که دارای عملکرد بیشتری نسبت به شاهدهای پرعملکرد متحمل به تنش ارگ، بم و کویر بودند، به عنوان برترین ژنوتیپ ها در شرایط مورد مطالعه تعیین شدند و جهت بررسی های مولکولی، فیزیولوژیکی و سازگاری معرفی گردیدند. در ادامه بررسی، 30 لاین متحمل و حساس بر اساس صفات مورفولوژیک، زراعی، فنولوژیک و شاخص های تحمل نسبت به شاهدهای پرعملکرد متحمل به تنش مورد مطالعه، جهت بررسی تنوع هاپلوتایپی براساس qtl های بزرگ اثر شناسائی شده انتخاب گردیدند. با استفاده از نتایج بدست آمده از بررسی ارتباط نشانگرهای ssr با صفات فنوتیپی مشاهده گردید که در هر ناحیه، ارتباط تفرق نشانگرها با صفات مختلفی معنی دار گردیدند، همچنین این نتیجه حاصل شد که در هر ناحیه می توان از نشانگری که بیشترین رابطه با صفات برای آن معنی دار شدند، در برنامه های انتخاب به کمک نشانگر، جهت بهبود تعداد بیشتری از صفات بهره گرفت. بدین منظور نشانگرهای xcfa2121 و xgwm10 در فاصله 56 تا 82 سانتی مورگان و نشانگر xwmc296 در فاصله 150 تا 7/158 سانتی مورگان واقع در روی کروموزوم 2a و نشانگرهای xgwm194 و xgwm624 برای کروموزوم 4d به دلیل داشتن ارتباط معنی دار با بیشتر صفات اندازه گیری شده را می توان به عنوان نشانگرهای مناسب جهت شناسایی مکان های ژنی کنترل کننده تحمل به تنش شوری و انتخاب به کمک نشانگر معرفی نمود. وجود چنین رابطه های معنی دار، در نواحی مورد نظر با صفات بیانگر این است که این نواحی کروموزومی در ژنوتیپ های ایرانی دارای بیشترین احتمال حضور ژن-های مرتبط با تنش شوری می باشند. نتایج ارزیابی هاپلوتیپی نشان داد که ژنوتیپ های مورد مطالعه، بر اساس qtl های واقع بر روی کروموزوم های2a ،3b ، 4d و 6d در گروه های هاپلوتیپی جداگانه قرار گرفتند. بدین منظور بر اساس مقایسه ترکیب آللی در متحمل ترین افراد جمعیت و حضور یا عدم حضور آلل نشانگرهای خاص در این افراد می توان به اهمیت بخش های مختلف نواحی qtl پی برد. نشانگرهای xgwm10، xgwm445، xbarc353.2 و xgwm312 برای ناحیه 82-56 سانتی مورگان و نشانگرهای xgwm515 و xwmc296 برای ناحیه 7/158-150 سانتی مورگان کروموزوم 2a بعنوان بهترین نشانگرهای مرتبط با تحمل به شوری و آلل های 194، 193،200 ، 205، 148، 171 و bp 165 بعنوان آلل های سودمند این نواحی کرموزومی گزارش گردیدند. همچنین نشانگر xwmc326 با تولید آلل bp 186 برای کروموزوم 3b و xgpw345 و xbarc48.4 با تولید آلل های 192 و bp 144 برای کروموزوم 4d و نشانگر xbarc196 و آلل bp176 برای کروموزوم 6d نشانگرهای سودمندی جهت اصلاح تحمل به شوری در برنامه های انتخاب به کمک نشانگر می باشند.