در این تحقیق c54h18 و دو لایه آن (c54h18)2 به ترتیب به عنوان مدل گرافن (g1) و گرافن دولایه (g2) انتخاب و نسبت به وارد کردن پیوند پپتیدی در بین دو صفحه گرافن اقدام شد، اما بهینه-سازی هندسی صورت نگرفت. در ادامه به منظور جلوگیری از شکسته شدن پیوند پپتیدی، یک اتم کربن از هر لایه را با اتم si جایگزین و ساختار g3 به دست آمد و پیوند پپتیدی در بین این دو اتمsi قرار گرفت و ساختار g4 بهینه شد. در پایان دو صفحه گرافن از لبه با یک و دو پیوند پپتیدی به هم متصل شدند (ساختارهای g5 و g6). مدل های g1، g5 و g6 در سطح b3lyp/6-31g(d) و مدل های g2، g3 و g4 در سطح b97-d/6-31g(d) بهینه شدند. بررسی گپ انرژی ساختارها این روند g1 -? g5 -? g6 > g2 > g3 > g4 را نشان می دهند. البته در این پروژه ساختار الکترونی مدل ها از طریق محاسبات nmr، nqr و nbo مورد مطالعه قرار گرفتند.