لوپوس اریتماتوز سیستمیک یک بیماری خود ایمن مزمن است که اندام های مختلف مانند: پوست، مفاصل، خون، کلیه ها، سیستم عصبی مرکزی – محیطی را درگیر می کند و با اختلالات ایمنولوژیک همراه است. ویژگی تیپیک این بیماری تولید اتوآنتی بادی های ویژه در برابر آنتی ژن های درون سلولی واقع در هسته یا سیتوپلاسم می باشد. سرم مایع زیستی پیچیده ای شاملmg/ml 80-60 پروتئین و مولکول های کوچک دیگر می باشد. تعدادی از پروتئین ها مانند آلبومین، ایمنوگلبولین ??% از جرم پروتئینی سرم را تشکیل می دهند. سرم حاوی پروتئین های دیگری مانند پروتئین های سنتز شده، ترشح شده یا حاصل از بین رفتن بعضی از بافت ها یا سلول های بدن نیز می باشد. در بیماریهای مختلف تغییرات در سطح پروتئین های سرم می تواند نشان دهنده چگونگی آسیب بافتی باشد. سنجش مقایسه ای این پروتئین ها به عنوان مارکرهای بیولوژیکی در تشخیص و پیش آگهی بیماری ها، موضوع علم پروتئومیکس است. تکنیک الکتروفورز دو بعدی روشی مناسب برای جداسازی و بررسی پروتئین ها در سرم است. کاربرد این تکنیک به وسیله پروتئین های با فراوانی بالا مانند آلبومین محدود می شود. در این مطالعه از این تکنیک برای بررسی و مقایسه پروتئوم سرم افراد مبتلا به لوپوس در مقایسه با افراد سالم استفاده شد. برای حذف پروتئین های با فراوانی بالا از کیت اختصاصی استفاده گردید. مقایسه کمی غلظت پروتئین کل قبل از عبور از ستون کاهش غلظت را در بیماران نشان داد که این تفاوت بیشتر در سطح آلبومین مشاهده شد که می تواند به دلیل وقوع پدیده دفع آلبومین در افراد مبتلا باشد. مقایسه کمی و کیفی الگوهای پروتئینی دو گروه مورد مطالعه بعد از انجام الکتروفورز دو بعدی و رنگ آمیزی با نیترات نقره تفاوت هایی را نشان داد. لکه های پروتئینی متفاوت بین دو گروه به صورت دستی از ژل خارج، خشک و به منظور شناسایی از تکنیک طیف سنجی جرمی استفاده می شود. این تفاوت ها مربوط به حضور 22 لکه پروتئینی است که 13 لکه افزایش و 9 لکه نیز کاهش غلظت را در نمونه های بیمار در مقایسه با سالم نشان می دهند و بیشتر در نواحی از ژل با وزن مولکولی 17 تا 55 کیلو دالتون و ph 4 تا 8 مشاهده شدند. شناسایی این پروتئین ها می تواند نقش مهمی درتشخیص و تداخل در درمان بر عهده داشته باشد. کلمات کلیدی: الکتروفورز دو بعدی، لوپوس اریتماتوز سیستمیک، بیومارکر