جمهوری اسلامی به عنوان نظامی که تلاش می کند میان شریعت و قانون تلفیق ایجاد نماید، در مراحل اولیه شکل گیری خود و به خصوص در مسایل انضمامی جامعه دچار نوعی بحران تصمیم گیری گردید. برجسته ترین نمود این بحران خود را در اختلافات میان دو نهاد مجلس و شورای نگهبان نشان می داد. چاره اندیشی های حضرت امام خمینی (ره) در حل این مشکلات با وجود تأکید بر مقتضیات زمانی و مکانی توسط روحانیون نیز نتوانست گرهی از کار باز کند. فشار روز افزون مسایل جدید پیش روی نظام نوبنیاد جمهوری اسلامی که برگرفته از اندیشه های حضرت امام (ره) و در بستر تعالیم دینی بود. در پاسخ به حل مشکلات و ارایه راه حل جهت خروج از بحران ها. میان جریان های مختلف سیاسی اصطکاک و درگیری وجود داشت و در این میان هر یک برداشت های خاصی از فقه در پاسخ به مسایل مبتلا به جامعه صورت می دادند. این درگیری ها و مناقشات منجر به بن بست سیاسی گردید و اداره جامعه با مشکل روبرو گردید. با بروز این مشکلات ، برای حل و رفع معضلات و بن بست شکنی در تصمیمات، حضرت امام (ره) با طرح بحث مصلحت و حکم حکومتی از نظریه ولایت فقیه به سمت نظریه ولایت مطلقه فقیه سوق پیدا کردند. در واقع بارزترین نمود نظریه ولایت مطلقه فقیه، تولد نهاد مجمع تشخیص مصلحت نظام است. مجمع تشخیص مصلحت نظام دارای دو وجه شرعی و نهادی است و اوج تلفیق شرع و نهاد است . خاصیت مجمع این بود که حقوق وتوی شورای نگهبان را ضعیف می کرد و باعث بن بست گشایی و کارآمد ساختن حکومت می گردید. آنچه که در تولد نظریه ولایت مطلقه فقیه قابل طرح است آن است که این ابتکار امام بسیار نزدیک به عرصه واقعیات و حکومت اسلامی درعمل بوده است. امام راحل مجموعه ای از مبانی فقهی را مطرح کردند که از نظر روش شناسانه بدیع به نظر می رسید و حضرت امام اولین فقیهی هستند که جرقه تغییر جهت گیری فقه سیاسی را از "فرد" به "نهاد" زدند. مجمع تشخیص مصلحت نظام ساز و کاری بود برای برقراری ارتباط میان سپهر آرمان و سپهر امکان.