برای ارزیابی تحمل شوری در ارقام مختلف گندم و ارتباط آن با نشانگرهای مولکولی issr تحقیقی در آزمایشگاه دانشکده کشاورزی در سال 1388 انجام شد. آزمایش روی 24 رقم گندم براساس طرح فاکتوریل در قالب طرح بلوک کامل تصادفی با سه تکرار و سه سطح تنش (شاهد، 45 و 90 میلی مولار کلرید سدیم) به صورت کشت هیدروپونیک انجام شد. نتایج نشان داد که با افزایش تنش شوری مقدار پرولین، کلروفیل، سدیم و نفوذپذیری غشاء افزایش یافت اما مقدار آنها در ارقام مختلف متفاوت بود. طبق نتایج بدست آمده رقم پیشگام و فینکان به ترتیب بیشترین و کمترین مقدار را بخود اختصاص دادند. براساس نتایج بدست آمده شاخص sti قادر به تمایز ژنوتیپ های گروهa از سایر ژنوتیپ ها می باشد. براساس شاخص هایsti و mp، رقم پیشگام بیشترین مقدار وزن خشک ریشه و وزن خشک ساقه را داشت. بنابراین این رقم بالاترین مقدار را در هر دو محیط تنش و غیرتنش دارا بود. ارقام دریا و فینکان کمترین مقدار شاخص های mp، sti را در هر دو محیط تنش و غیرتنش داشت. همچنین، نشانگرهای مولکولی می توانند به عنوان ابزاری تکمیلی برای تایید فرضیه وجود تنوع ژنتیکی در میان لاین های مشتق شده از گندم مورد استفاده قرار گیرد.20 آغازگر rapd و 34 آغازگر issr استفاده گردید که از میان آنها به ترتیب 6 آغازگر rapd و 15 آغازگر issr چندشکل و تکرارپذیر بودند. این آغازگرها برای تجزیه خوشه ای استفاده شدند. شاخص های pic، mi، i و uh برای آنالیز issr به ترتیب 335/0، 39/1، 502/0، 350/0 و برای آنالیز rapd به ترتیب 391/0، 20/1، 572/0 و 409/0 بدست آمد. براساس تجزیه رگرسیون چندگانه صفات مورفوفیزیولوژیکی، موثرترین آغازگرها درشرایط شاهد 3-27s و 2-35r، در شرایط تنش 45 میلی مولار 3-11s و 2-35r و در شرایط 90 میلی مولار 5-2s بودند. و این نشان دهنده وجود تنوع قابل توجهی میان ارقام گندم می باشد.