زیتون(olea europaea l.) یکی از اعضای خانواده oleacea می باشد که شامل بیش از 30 جنس و 500 تا 600 گونه پراکنده در نواحی معتدل مدیترانه ای می باشد. برای رسیدن به عملکرد بالا و محصول یکنواخت، احداث باغهای اصیل ژنتیکی از اهمیت زیادی برخوردار است. ارزیابی ژرم پلاسم های گیاهی اطلاعات مفیدی را در مورد ویژگیهای ارقام آشکار می سازد که می توانند در مطالعه الگوهای تنوع ژنتیکی و طرح ریزی برنامه های به نژادی مورد استفاده قرار گیرند. صفات مورفولوژیکی، زراعی و بیوشیمیایی گزینه های مناسبی برای ارزیابی تنوع به شمار میروند. استفاده از نشانگرهای مولکولی در این ارزیابی ها اطلاعات دقیقی در مورد ساختار ژنتیکی جمعیت ها فراهم می کند. در این پژوهش تعداد 10 رقم زیتون ایرانی و خارجی با استفاده از نشانگرهای issr و rapd مورد بررسی قرار گرفتند. تعداد 14 آغازگر issr در مجموع تعداد 240 باند با وضوح بالا و خاصیت تکرار پذیری تولید کردند که از بین آنها 199 باند (91/82%) چند شکلی نشان دادند. تعداد 83 باند توسط 6 آغازگر rapd تولید شد که از بین آنها تعداد 65 باند (31/78%) چند شکل بودند. میانگین محتوای اطلاعات چند شکلی (pic) برای آغازگرهای issr در حدود 297/0 و برای نشانگرهای rapd، 294/0 بدست آمد که نشان دهنده توانایی یکسان این دو نشانگر در شناسایی چند شکلی در ارقام زیتون مورد مطالعه می باشد. برای ارزیابی شباهت ها و اختلافات ژنومی بین ارقام از تجزیه خوشه ای با استفاده از ضریب تشابه جاکارد استفاده شد. با توجه به فاصله ژنتیکی بین 10 رقم مورد مطالعه، میزان شباهت از 45/0 تا 71/0 برای آغازگرهای issr و از 42/0 تا 7/0 برای آغازگرهای rapd متغیر بود. بر اساس نمودار درختی حاصل از روش upgma با استفاده از نشانگرهای issr و rapd ارقام به ترتیب در 3 و 2 گروه اصلی قرار گرفتند. ضریب همبستگی بر اساس آزمون منتل بین ماتریس شباهت جاکارد حاصل از نشانگرهای rapd و issr بالا بود (82/0= r) که نشان دهنده تطابق زیاد نتایج حاصل از این نشانگرها با یکدیگر می باشد. نتایج به دست آمده سودمندی نشانگرهای استفاده شده در جداسازی و تفکیک ارقام زیتون ایرانی از خارجی را تایید کرد. از طرف دیگر مشخص شد ارقام زیتون ایرانی در داخل جمعیت خود دارای تنوع بسیار مفیدی هستند که می توان از آن در برنامه های اصلاحی بهره برد.