لاله واژگون (fritillaria imperialis l.) گیاهی چند ساله از خانواده سوسن (liliaceae) و از لحاظ دارویی و زینتی دارای اهمیت فراوانی است. اصلاح ژنتیکی آن به دلیل اطلاعات اندک در زمینه ذخایر توارثی این گیاه محدود می باشد، لذا بررسی تنوع ژنتیکی آن ضروری به نظر می رسد. در این مطالعه تنوع ژنتیکی سه جمعیت لاله واژگون شامل 81 نمونه بوسیله دو نشانگر مولکولی issr و aflp و صفات مورفولوژی دانه گرده مورد ارزیابی قرار گرفت. استخراج dna با استفاده از روش ctab انجام شد. در روش issr در مجموع 133 باند توسط 14 آغازگر تصادفی تکثیر شدند که 95 باند (06/70 درصد) چند شکل بود. میانگین باند تولید شده برای هر پرایمر 5/9 بود. در روش aflp در مجموع 402 باند توسط 5 جفت آغازگر aflp بکار رفته، تکثیر شدند که از میان آنها 297 باند (88/73 درصد) چند شکل بود. میانگین باند تولید شده برای هر آغازگر 4/80 بود. در ترکیب داده های دو نشانگر نیز تعداد 535 باند تولید شدند که تعداد 392 (15/71 درصد) باند چند شکل نشان دادند. با استفاده از نشانگر issr ضریب تشابه جاکارد بین 279/0 تا 706/0 متغیر بود و در تجزیه خوشه ای با استفاده از روش complete، هفت گروه تشکیل شد. همچنین در نشانگر aflp تغییرات ضریب تشابه جاکارد بین 373/0 تا 651/0 بود و در تجزیه خوشه ای سه گروه تشکیل شد. در ترکیب نشانگرهای issr و aflp ضریب تشابه جاکارد بین 363/0 تا 639/0تغییرات نشان داد و در تجزیه خوشه ای پنج گروه تشکیل شد. آزمون مانتل بیانگر همبستگی معنی دار بین ماتریس تشابه دو نشانگر بود. در تجزیه خوشه ای نمونه ها با استفاده از صفات مورفولوژی دانه گرده، چهار گروه تشکیل شد و آزمون مانتل بیانگر همبستگی معنی دار بین ماتریس تشابه نشانگر aflp و صفات مورفولوژی دانه گرده بود. نتایج نشان دهنده کارایی بهتر نشانگر aflp در تفکیک نمونه ها و جمعیت های مختلف لاله واژگون بود. با توجه به دندروگرام های ترسیم شده، گروهبندی ها بر اساس نشانگر های مولکولی و صفات مورفولوژی، تصویر تقریبا واضحی از پراکنش جغرافیایی نمونه ها ارائه داد.