لکه قهوه ای یکی از مهمترین بیماریهای خسارت زای برنج در جهان و ایران می باشد. عامل بیماری، قارچ cochliobolus sativus، با فرم غیر جنسی bipolaris oryzae می باشد. به منظور بررسی تنوع ‍‍‍‍ژنتیکی عامل بیماری در استان گیلان 20جدایه از گروه بیماری شناسی گیاهی دانشگاه تربیت مدرس دریافت شد. جدایه ها روی محیط عصاره ی سیب زمینی آگار (pda) تجدید کشت شدند و پس از تهیه بیومس، dna استخراج شد. تنوع ژنتیکی با استفاده از نشانگر issr با پنج آغازگر issr2، issr10، stag3،lmb-a وpcms برای کلیه جدایه ها بررسی شد. نتایج تجزیه و تحلیل الگوهای باندی حاصل از مجموع پنج آغازگر issr در سطح تشابه 70 درصد، جدایه ها را به پنج گروه تفکیک نمود. گروه بندی مناسبی از لحاظ منطقه جغرافیایی با استفاده از این نشانگر صورت نگرفت. نتایج بر اساس این نشانگر نشان داد که این قارچ دارای تنوع ژنتیکی بالایی در استان گیلان می باشد. همچنین، 80 لوکوس (معادل %82) چند شکل بودند و بیشترین چند شکلی توسط آغازگر lmb-a (24 لوکوس) حاصل گردید، این مطلب تایید کننده تنوع ژنتیکی بالا در این قارچ در استان گیلان می باشد. بیشترین محتوای اطلاعات چند شکلی (pic) بدست آمده، مربوط به آغازگر stag3 معادل 36/0 بود، که نشان دهنده بیشترین باند ایجاد شده توسط این آغازگر می باشد. بیشترین شاخص نشانگری (mi) مربوط به آغازگر lmb-a (27/7 mi=) و بعد از آن issr10 (65/3 mi=) می باشد. این مطلب نشان دهنده آن است که از این معیار می توان در تخمین چند شکلی، همچنین یک معیار کلی برای پیشگویی کارایی این نشانگرها در ژرم پلاسم این قارچ و قارچ های دیگر استفاده نمود. میزان همبستگی بین ماتریس های تشابه حاصل از مجموع داده های issr، نشان می دهد که دندروگرام های حاصل از پنج آغازگر با یکدیگر تطابق داشته و برازش در سطح بسیار خوبی قرار گرفته است. تجزیه به مختصات اصلی براساس ماتریس تشابه نشان دهنده عدم همبستگی بین آغازگرهای issr می باشد و مفهوم ژنومی این عدم همبستگی پراکنده بودن (توزیع یکنواخت) فواصل قابل تکثیر بین جایگاه های ریزماهواره در سراسر ژنوم می باشد. با توجه به این مطلب آغازگرهایی که مقدار شاخص نشانگری بالاتری را به خود اختصاص داده اند، می توانند برای مطالعه جدایه های ایرانی قارچ bipolaris oryzae در سطح وسیع استفاده گردند. پیشنهاد می شود از این آغازگرها در جدایه های بیشتری از این قارچ از مناطق جغرافیایی مختلف استفاده شود تا ساختار ژننتیکی این بیمارگر در جمعیت های ایرانی آن مشخص گردد. کلمات کلیدی: لکه قهوه ای برنج، تنوع ‍‍‍ژنتیکی، نشانگر مولکولی، issr